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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jil | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 2nd PDZ domain of glutamate receptor interacting protein-1 (GRIP1) | ||||||
要素 | GLUTAMATE RECEPTOR INTERACTING PROTEIN-1 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ENDOPLASMIC RETICULUM (小胞体) / POSTSYNAPTIC MEMBRANE / MEMBRANE (生体膜) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vesicle-mediated transport in synapse / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / : / positive regulation of neuron projection arborization / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / nuclear glucocorticoid receptor binding / dendrite development / beta-catenin binding / signaling receptor complex adaptor activity / perikaryon ...vesicle-mediated transport in synapse / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / : / positive regulation of neuron projection arborization / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / nuclear glucocorticoid receptor binding / dendrite development / beta-catenin binding / signaling receptor complex adaptor activity / perikaryon / cytoplasmic vesicle / postsynaptic membrane / postsynaptic density / neuron projection / intracellular signal transduction / 脂質ラフト / 樹状突起 / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum membrane / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Tickle, J. / Elkins, J. / Pike, A.C.W. / Cooper, C. / Salah, E. / Papagrigoriou, E. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. ...Tickle, J. / Elkins, J. / Pike, A.C.W. / Cooper, C. / Salah, E. / Papagrigoriou, E. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Doyle, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of 2Nd Pdz Domain of Glutamate Receptor Interacting Protein-1 (Grip1) 著者: Tickle, J. / Elkins, J. / Pike, A.C.W. / Cooper, C. / Salah, E. / Papagrigoriou, E. / von Delft, F. / Edwards, A. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Doyle, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2jil.cif.gz | 53.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2jil.ent.gz | 38.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2jil.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/2jil ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/2jil | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.08357, 0.99649, -0.00491), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10429.821 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ DOMAIN 2, RESIDUES 149-239 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q9Y3R0 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 20% PEG3350, 0.20M POTASSIUM THIOCYANATE, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M BIS TRIS PROPANE PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→41.31 Å / Num. obs: 26857 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 21.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1N7E 1TQ3 1BE9 1MFG 2HE2 1N7F 解像度: 1.5→48.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.642 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.94 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.22 Å
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拘束条件 |
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