PDB-2jhp: The structure of bluetongue virus VP4 reveals a multifunctional R...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jhp

タイトル

The structure of bluetongue virus VP4 reveals a multifunctional RNA- capping production-line

要素

VP4 CORE PROTEIN

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL CAPPING ENZYME /

CORE PROTEIN (カプシド) /

VIRION PROTEIN VIRAL PROTEIN (ウイルス)

機能・相同性

機能・相同性情報

viral outer capsid
類似検索 - 分子機能

生物種

Bluetongue virus (ブルータングウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Sutton, G. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. / Roy, P.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Bluetongue Virus Vp4 is an RNA-Capping Assembly Line.
著者: Sutton, G. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. / Roy, P.

履歴

登録	2007年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年6月21日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _software.name
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jhp.cif.gz	143.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jhp.ent.gz	113.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jhp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/2jhp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/2jhp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jh8C 2jh9C 2jhaC 2jhcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jha-d 2jhc-d 2jh8-d 2jh9-d 4xx1-3 2zxu-1 1o12-d 4ki2-d 2ii1-1 6t5h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VP4 CORE PROTEIN

ヘテロ分子

76.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.242, 76.242, 421.508
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	VP4 CORE PROTEIN / BLUETONGUE VIRUS VP4 分子量: 75501.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bluetongue virus (serotype 10 / American isolate) (ブルータング) 株: BTV-10 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P07132
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン / グアニン分子量: 151.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅O
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 100 MM IMIDAZOLE PH 8.0, 2%-8% PROPAN-2-OL, 0-250 MM NACL, 50 MM DTT, 2 MM ADOHCY, 5MG/ML VP4 CONCENTRATION, SITTING DROP.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933, 0.9792

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月5日 / 詳細: TORROIDAL MIRRORS

放射

モノクロメーター: DIAMOND(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.933	1
2	0.9792	1

反射

解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 26662 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 24.4 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 26

反射シェル

解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
pirate		モデル構築
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXCD		位相決定
SHELXD		位相決定
SHARP		位相決定
pirate		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.859 / SU B: 25.264 / SU ML: 0.277 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.684 / ESU R Free: 0.342
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED RESIDUES 270-276, 537-549 AND 601-610 ARE OMITTED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.289	1244	4.8 %	RANDOM
R_work	0.226	-	-	-
obs	0.229	24542	97.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.52 Å²	-0.26 Å²	0 Å²
2-	-	-0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5040	0	74	91	5205

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	5247
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.552	1.969	7097
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	13.023	5	609
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.16	22.451	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.826	15	912
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.508	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.345	0.2	749
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3996
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	2392
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	3487
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.302	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.389	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.98	5	3160
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.915	16	4957
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	21.479	20	2440
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	20.228	50	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.57 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.361	58
R_work	0.307	1232

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.892	-0.6242	0.3402	6.117	-0.8356	4.6984	0.1706	-0.0966	0.8363	0.6464	0.0076	-0.7433	-0.4238	0.7572	-0.1781	0.0598	0.0522	-0.0615	-0.1102	0.0887	0.1632	107.742	35.879	181.502
2	6.6981	-0.2018	-2.428	0.7004	0.1226	0.8837	0.2665	-0.499	0.4477	0.0724	-0.2304	-0.1874	0.2332	-0.1619	-0.0361	0.0478	0.0142	-0.0612	-0.1906	0.0581	-0.1088	80.166	28.487	185.598
3	7.2513	-2.3585	-0.6213	4.4161	0.3384	6.1774	0.0835	-0.3291	0.3914	0.5834	-0.0635	-0.1457	-0.4195	0.1939	-0.02	0.0309	-0.1735	-0.0509	-0.0734	0.0368	-0.1149	65.771	35.611	203.13
4	5.6987	-0.1531	-1.0149	4.5168	-0.4001	4.8669	-0.0369	-0.401	-0.2846	0.4506	-0.0057	0.5344	0.3741	-0.3767	0.0425	-0.0398	-0.1675	-0.0139	-0.045	0.0978	-0.0683	58.56	23.105	202.789
5	6.9215	-1.9102	-3.4129	3.8964	1.044	3.5527	0.1207	0.2212	-0.3955	-0.0848	-0.2691	-0.0031	0.4536	-0.1037	0.1484	0.0641	-0.019	-0.0935	-0.139	0.0875	-0.2261	80.007	18.474	175.458
6	3.5661	-0.742	-1.0139	1.9072	0.643	1.9274	0.3862	1.0539	0.8833	-0.4784	-0.2183	-0.3055	-0.3399	-0.0564	-0.1679	0.0979	0.2045	0.0411	0.1632	0.3268	0.045	93.762	30.821	163.642
7	6.417	-2.382	0.3729	4.8745	-1.6396	5.3552	0.6604	1.7761	-0.4987	-0.752	-0.512	0.2482	0.926	-0.4091	-0.1484	0.6783	0.2056	-0.1118	1.0333	-0.0802	0.3576	92.214	17.187	151.859

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	101 - 160
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	161 - 237
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	238 - 391
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	392 - 452
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	453 - 598
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	599 - 644

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)