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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j83 | ||||||
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タイトル | Ulilysin metalloprotease in complex with batimastat. | ||||||
要素 | ULILYSIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / IGFBP PROTEASE / METALLOPROTEASE (金属プロテアーゼ) / HYDROXAMATE INHIBITOR / CANCER (悪性腫瘍) / METZINCIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metallopeptidase activity / タンパク質分解 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | METHANOSARCINA ACETIVORANS (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Garcia-Castellanos, R. / Tallant, C. / Marrero, A. / Sola, M. / Baumann, U. / Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2007 タイトル: Substrate Specificity of a Metalloprotease of the Pappalysin Family Revealed by an Inhibitor and a Product Complex. 著者: Garcia-Castellanos, R. / Tallant, C. / Marrero, A. / Sola, M. / Baumann, U. / Gomis-Ruth, F.X. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Molecular Analysis of Ulilysin, the Structural Prototype of a New Family of Metzincin Metalloproteases. 著者: Tallant, C. / Garcia-Castellanos, R. / Seco, J. / Baumann, U. / Gomis-Ruth, F.X. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2j83.cif.gz | 130.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2j83.ent.gz | 100 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2j83.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/2j83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/2j83 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2ckiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.97251, -0.04123, -0.2292), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29078.186 Da / 分子数: 2 / 断片: ACTIVE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 61-322 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) METHANOSARCINA ACETIVORANS (古細菌) 株: C2A 解説: M.ACETIVORANS TOTAL DNA WAS OBTAINED FORM THE GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM). プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8TL28 |
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-非ポリマー , 5種, 476分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED配列の詳細 | MUTANT C269A. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % 解説: THE PRESENT INHIBITOR COMPLEX CRYSTALS WERE ISOMORPHOUS TO THOSE OF THE STARTING MODEL. |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: VAPOUR-DIFFUSION CRYSTALLISATION METHOD FROM SITTING DROPS CONSISTING OF 1 MICROLITER OF PROULILYSIN (5 MG/ML IN 30MM TRIS-HCL PH 7.5, 2MM DITHIOTHREITOL, 100MM NACL), 1 MICROLITER OF ...詳細: VAPOUR-DIFFUSION CRYSTALLISATION METHOD FROM SITTING DROPS CONSISTING OF 1 MICROLITER OF PROULILYSIN (5 MG/ML IN 30MM TRIS-HCL PH 7.5, 2MM DITHIOTHREITOL, 100MM NACL), 1 MICROLITER OF RESERVOIR SOLUTION (18% PEG 8000, 0.1M 2-MORPHOLINOETHANESULFONIC ACID, PH6.5, 0.2M CACL2) AND, OPTIONALLY, 0.2 MICROLITER OF 0.1M SPERMIDINE OR 30% 2, 4-METHYLPENTANEDIOL AS ADDITIVES. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→45.6 Å / Num. obs: 154616 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 24.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 13.9 / % possible all: 90.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2CKI 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 6.695 / SU ML: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: THERE IS NCS RELATING CHAINS A AND B (180.1 DEGREES AROUND A ROTATION AXIS DEFINED BY THE DIRECTION COSINES 0.002,MINUS 0.011, MINUS 1.000, I.E. ALMOST PARALLEL TO CELL AXIS C).
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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