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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j0v | ||||||
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タイトル | The crystal structure of Arabidopsis thaliana RAC7-ROP9: the first RAS superfamily GTPase from the plant kingdom | ||||||
![]() | RAC-LIKE GTP-BINDING PROTEIN ARAC7 | ||||||
![]() | NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN / ROP9 / ATRAC7 / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() cortical cytoskeleton organization / abscisic acid-activated signaling pathway / small GTPase-mediated signal transduction / cell projection / actin filament organization / regulation of actin cytoskeleton organization / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sormo, C.G. / Leiros, I. / Brembu, T. / Winge, P. / Os, V. / Bones, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of Arabidopsis Thaliana Rac7/Rop9: The First Ras Superfamily Gtpase from the Plant Kingdom. 著者: Sormo, C.G. / Leiros, I. / Brembu, T. / Winge, P. / Os, V. / Bones, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 157.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 123.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1mh1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23383.945 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GDP / ![]() #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 構成要素の詳細 | ACTS AS A NEGATIVE REGULATOR OF ABSCISIC ACID (ABA) RESPONSES. ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 3 ...ACTS AS A NEGATIVE REGULATOR OF ABSCISIC ACID (ABA) RESPONSES. ENGINEERED | 配列の詳細 | 3 AA PRIOR TO START OF MATURE SEQUENCE DUE TO THROMBIN CLEAVAGE SITE. THESE ARE GSH AND NUMBERED '- ...3 AA PRIOR TO START OF MATURE SEQUENCE DUE TO THROMBIN CLEAVAGE SITE. THESE ARE GSH AND NUMBERED '-2,-1,0'. ALSO POINT MUTATION A3V. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % |
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結晶化![]() | pH: 6.5 詳細: 50 MM BISTRIS PH 6.5, 10 MM MGCL2, 5 MM DTT, 200 MM KCL, 10% (W/V) PEG 2000, 10% (W/V) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.78→38.18 Å / Num. obs: 61628 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 16.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.88 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1MH1 解像度: 1.78→37.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 2.684 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.73 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→37.8 Å
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拘束条件 |
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