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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2iqx | ||||||
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タイトル | Rat Phosphatidylethanolamine-Binding Protein Containing the S153E Mutation in the Complex with o-Phosphorylethanolamine | ||||||
要素 | Phosphatidylethanolamine-binding protein 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE INHIBITOR / alpha-beta | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of acetylcholine biosynthetic process / positive regulation of acetylcholine metabolic process / Negative regulation of MAPK pathway / MAP2K and MAPK activation / regulation of the force of heart contraction / receptor serine/threonine kinase binding / mitogen-activated protein kinase binding / 受精能獲得 / eating behavior / negative regulation of MAPK cascade ...positive regulation of acetylcholine biosynthetic process / positive regulation of acetylcholine metabolic process / Negative regulation of MAPK pathway / MAP2K and MAPK activation / regulation of the force of heart contraction / receptor serine/threonine kinase binding / mitogen-activated protein kinase binding / 受精能獲得 / eating behavior / negative regulation of MAPK cascade / response to corticosterone / spermatid development / positive regulation of cAMP-mediated signaling / axon terminus / response to electrical stimulus / response to cAMP / response to organonitrogen compound / positive regulation of mitotic nuclear division / response to organic substance / negative regulation of protein phosphorylation / response to activity / hippocampus development / serine-type endopeptidase inhibitor activity / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / kinase binding / response to calcium ion / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / シナプス小胞 / apical part of cell / response to ethanol / response to oxidative stress / mitochondrial outer membrane / response to xenobiotic stimulus / signaling receptor binding / neuronal cell body / lipid binding / protein kinase binding / enzyme binding / 細胞膜 / extracellular space / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Joachimiak, G. / Clark, M.C. / Rosner, M. / Joachimiak, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Rat Phosphatidylethanolamine-Binding Crystal structure of Protein Containing the S153E Mutation in the Complex with o-Phosphorylethanolamine 著者: Kim, Y. / Joachimiak, G. / Clark, M.C. / Rosner, M. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2iqx.cif.gz | 130.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2iqx.ent.gz | 101.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2iqx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/2iqx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/2iqx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1bd9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20869.404 Da / 分子数: 3 / 変異: S153E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P31044 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.01 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 4.5 詳細: 10mM o-phosphorylethamine+ 2mM GTP crystallized in 0.1M Sodium Acetate trihydrate pH 4.5 and 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 4.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97932 |
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月27日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97932 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→32.25 Å / Num. obs: 25715 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 3.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.21→2.29 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 94.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BD9 解像度: 2.2→32.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.592 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.515 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.198→2.255 Å / Total num. of bins used: 20 /
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