PDB-2ig7: Crystal structure of Human Choline Kinase B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ig7

タイトル

Crystal structure of Human Choline Kinase B

要素

Choline/ethanolamine kinase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / non-protein kinase /

choline kinase /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) /

Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

ethanolamine kinase /

choline kinase /

ethanolamine kinase activity /

CDP-choline pathway /

choline kinase activity / Synthesis of PE / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / muscle organ development / Synthesis of PC /

リン酸化 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Rabeh, W.M. / Tempel, W. / Nedyalkova, L. / Wasney, G. / Landry, R. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Human Choline Kinase B
著者: Rabeh, W.M. / Tempel, W. / Nedyalkova, L. / Wasney, G. / Landry, R. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.

履歴

登録	2006年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

Remark 999

SEQUENCE MSE at position -7 is an initiating Met as well as a modified residue

Remark 300

BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ig7.cif.gz	156.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ig7.ent.gz	127.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ig7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/2ig7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/2ig7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3g7k-2 6b96-d 6ob6-d 3i4k-2 2bbk-d 3tte-d 6cyc-d 2pui-d 6fg5-d 3dg7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Choline/ethanolamine kinase

B: Choline/ethanolamine kinase

93.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.657, 109.208, 157.952
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

not known

#1: タンパク質	Choline/ethanolamine kinase 分子量: 46781.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHKB, CHETK, CHKL / プラスミド: p28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codon plus RIL / 参照: UniProt: Q9Y259, choline kinase
#2: 化合物	... ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.9	57.9
2	2.9	57.9

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18% PEG3350, 0.2M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1M HEPES, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 93258 / % possible obs: 77.3 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 1.993 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²
1.6-1.66	7.2	1.3	0.544	853	0.815
1.66-1.72	24.9	1.8	0.463	2957	1.313
1.72-1.8	55.9	3	0.492	6692	1.001
1.8-1.9	85.9	4.8	0.447	10258	1.035
1.9-2.02	98.5	6.3	0.317	11790	1.208
2.02-2.17	99.2	7.3	0.2	11906	1.113
2.17-2.39	99.4	7.5	0.134	11990	1.394
2.39-2.74	99.6	7.5	0.091	12040	1.797
2.74-3.45	99.8	7.5	0.056	12165	2.553
3.45-50	99.8	7.2	0.042	12607	4.356

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
ARP/wARP		モデル構築
MolProbity		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / WR_factor R_free: 0.225 / WR_factor R_work: 0.189 / SU B: 2.39 / SU ML: 0.076 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2267	2110	2.541 %	thin shells
R_work	0.1924	-	-	-
all	0.193	-	-	-
obs	-	83039	97.353 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.114 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.183 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.931 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5619	0	24	252	5895

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	5799
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.459	1.958	7903
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.955	3	9655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.568	5	714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.4	23.754	293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.338	15	965
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.777	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	830
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6494
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	4040
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	2782
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	2925
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.192	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.127	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.202	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.054	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.041	2	3793
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.808	2	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.79	3	5565
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.054	2	2649
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.096	3	2316

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.352	10	0.265	4988	0.265	6234	80.173
1.847-1.897		0	0.243	5458	0.243	6050	90.215
1.897-1.952		0	0.223	5795	0.223	5926	97.789
1.952-2.012	0.278	528	0.211	5088	0.217	5673	98.995
2.012-2.077		0	0.204	5513	0.204	5566	99.048
2.077-2.15		0	0.192	5315	0.192	5349	99.364
2.15-2.23	0.233	446	0.19	4750	0.194	5231	99.331
2.23-2.321		0	0.184	4983	0.184	5012	99.421
2.321-2.424		0	0.189	4783	0.189	4803	99.584
2.424-2.541	0.231	361	0.193	4234	0.195	4611	99.653
2.541-2.677		0	0.19	4380	0.19	4397	99.613
2.677-2.838	0.225	253	0.195	3898	0.197	4162	99.736
2.838-3.032		0	0.2	3946	0.2	3952	99.848
3.032-3.273	0.22	202	0.198	3475	0.199	3680	99.918
3.273-3.581		0	0.187	3372	0.187	3375	99.911
3.581-3.996	0.198	128	0.171	2970	0.172	3099	99.968
3.996-4.601		0	0.155	2747	0.155	2747	100
4.601-5.602	0.183	88	0.174	2282	0.174	2371	99.958
5.602-7.788	0.289	57	0.234	1826	0.235	1884	99.947
7.788-30	0.24	37	0.214	1126	0.215	1175	98.979

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