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- PDB-2ig6: Crystal structure of a nimc/nima family protein (ca_c2569) from c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ig6
タイトルCrystal structure of a nimc/nima family protein (ca_c2569) from clostridium acetobutylicum at 1.80 A resolution
要素NimC/NimA family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Structural genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンモノヌクレオチド / Unknown ligand / NimC/NimA family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of NimC/NimA family protein (NP_349178.1) from Clostridium Acetobutylicum at 1.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NimC/NimA family protein
B: NimC/NimA family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7538
ポリマ－34,9462
非ポリマー8076
水4,954275
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area13760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.431, 65.305, 108.788
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NimC/NimA family protein


分子量: 17473.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
遺伝子: NP_349178.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97G05

-
非ポリマー , 5種, 281分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.97 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 7
詳細: 3.2M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.918370, 0.979251, 0.978981
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月16日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.9792511
30.9789811
反射解像度: 1.8→26.861 Å / Num. obs: 33939 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.8-1.853.60.4081.9895224730.40896.5
1.85-1.93.60.3252.4872824200.32596.8
1.9-1.953.60.2413849623790.24197
1.95-2.013.60.1784.3836023070.17896.9
2.01-2.083.60.1484.6788422200.14897.3
2.08-2.153.60.1087.1775821620.10897.3
2.15-2.233.60.0918.2749020820.09197.3
2.23-2.323.50.0893.3724820520.08997.6
2.32-2.433.50.0749.2680919260.07497.7
2.43-2.553.50.06510654818610.06597.9
2.55-2.683.50.05811.4625317850.05898.2
2.68-2.853.50.05112.7593417010.05198
2.85-3.043.50.04214.8546715810.04297.7
3.04-3.293.50.03915.8517514950.03997.5
3.29-3.63.40.03517.3458113650.03597.2
3.6-4.023.20.03517.7398112300.03596.1
4.02-4.653.20.03518.931619930.03588.4
4.65-5.693.30.0415.929758920.0492.4
5.69-8.053.10.04414.622187170.04492.7
8.05-29.832.60.05211.77602980.05266.2

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→26.861 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 4.516 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.105
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENO METHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENO METHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.70 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. RESIDUES 124-125 IN CHAIN B ARE DISORDERED AND NOT INCLUDED IN THE MODEL. 5. AN UNKNOWN LIGAND, DESIGNATED AS UNL, AND FLAVIN ADENINE MONONUCLEOTIDE, DESIGNATED FMN, IN THE COORDINATES HAVE BEEN MODELED IN THE ACTIVE SITE ON MONOMER A. THE UNL MAY BE A BENZOIC ACID BASED ON THE FIT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 1706 5 %RANDOM
Rwork0.168 ---
all0.17 ---
obs-33899 95.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.268 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→26.861 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2251 0 59 275 2585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222400
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.9753252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78234925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0765296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.96424.444117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.71115416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6411512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02497
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.22151
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.21132
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21293
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1250.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.20.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.03731529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4523592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.67452289
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.92771110
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0569956
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 111 -
Rwork0.214 2346 -
obs-2457 96.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1686-0.10810.22031.6096-0.23482.1523-0.0745-0.30940.03280.26030.00470.1446-0.2059-0.16790.0698-0.10170.01180.0358-0.0816-0.0464-0.251232.1859.43526.263
21.4549-0.1952-0.1380.4463-0.09282.4562-0.05070.1158-0.0075-0.1046-0.0884-0.010.02150.16610.1391-0.1507-0.01460.0296-0.12990.0058-0.2643.36853.0983.069
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA-11 - 1318 - 150
22BB-9 - 13110 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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