PDB-2ifu: Crystal Structure of a Gamma-SNAP from Danio rerio

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ifu

タイトル

Crystal Structure of a Gamma-SNAP from Danio rerio

要素

gamma-snap

キーワード

ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / Gamma-SNAP /

membrane fusion / SNARE complex disassembly /

PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / CESG / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

soluble NSF attachment protein activity /

SNARE complex / vacuolar membrane /

syntaxin binding / vesicle-mediated transport /

intracellular protein transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Bitto, E. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Mccoy, J.G. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Structure and dynamics of gamma-SNAP: insight into flexibility of proteins from the SNAP family.
著者: Bitto, E. / Bingman, C.A. / Kondrashov, D.A. / McCoy, J.G. / Bannen, R.M. / Wesenberg, G.E. / Phillips, G.N.

履歴

登録	2006年9月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年1月15日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ifu.cif.gz	221.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ifu.ent.gz	185 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ifu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/2ifu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/2ifu	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3opu-5 2wza-d 3opu-1 4ofq-2 3opu-2 2wqs-d 3opu-4 1edy-d 2l26-d 5dz9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.79361

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: GO.79361

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: gamma-snap

B: gamma-snap

C: gamma-snap

D: gamma-snap

ヘテロ分子

139 kDa, 4 ポリマー
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1

A: gamma-snap

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: gamma-snap

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35 kDa, 1 ポリマー
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3

C: gamma-snap

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: gamma-snap

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.378, 90.813, 264.173
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	PRO	A	A	107 - 275	109 - 277
2	1	ASN	PRO	B	B	107 - 275	109 - 277
1	2	ASN	PRO	A	A	107 - 275	109 - 277
2	2	ASN	PRO	C	C	107 - 275	109 - 277
1	3	ASN	PRO	A	A	107 - 275	109 - 277
2	3	ASN	PRO	D	D	107 - 275	109 - 277
1	4	ALA	TYR	A	A	1 - 96	3 - 98
2	4	ALA	TYR	B	B	1 - 96	3 - 98
1	5	PRO	TYR	A	A	28 - 96	30 - 98
2	5	PRO	TYR	C	C	28 - 96	30 - 98
1	6	TRP	TYR	A	A	26 - 96	28 - 98
2	6	TRP	TYR	D	D	26 - 96	28 - 98
1	7	ILE	GLU	A	A	97 - 106	99 - 108
2	7	ILE	GLU	B	B	97 - 106	99 - 108
1	8	ILE	GLU	A	A	97 - 106	99 - 108
2	8	ILE	GLU	C	C	97 - 106	99 - 108
1	9	ILE	GLU	A	A	97 - 106	99 - 108
2	9	ILE	GLU	D	D	97 - 106	99 - 108
1	10	LYS	SER	A	A	4 - 22	6 - 24
2	10	LYS	SER	C	C	4 - 22	6 - 24
1	11	SER	SER	A	A	6 - 22	8 - 24
2	11	SER	SER	D	D	6 - 22	8 - 24

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11

#1: タンパク質	gamma-snap 分子量: 34585.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: zgc:110177 / プラスミド: PVP 33K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q5BJK3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	3.61	66.3
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	詳細
277	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	Protein Solution (10 MG/ML protein, 0.250 M sodium chloride, 0.0031 M sodium azide, 0.0003 M TCEP, 0.005 M BisTris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (15% PEG 8K, 0.020 M lithium sulfate, 0.066 M PIPES pH 6.5, 0.034 M MOPS pH 7.0) Cryoprotected with Well Solution supplemented with up to 25% ethylene glycol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
277	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	Protein Solution (10 MG/ML protein, 0.250 M sodium chloride, 0.0031 M sodium azide, 0.0003 M TCEP, 0.005 M BisTris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (7% PEG 8K, 0.20 M ammonium sulfate, 0.10 M MOPS pH 7) Cryoprotected with 15% PEG 8K, 0.100 M lithium sulfate, 0.10 M PIPES pH 6.5 up to 25% ethylene glycol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	23-ID-D	1	0.97926
シンクロトロン	APS	22-ID	2	0.97925,0.96403

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2006年8月24日	Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2006年8月4日	Horizontal sagitally focusing 2nd bent monochromator crystal, vertical bent focusing mirror

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111) Double Crystal Monochromater	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Cryogenically cooled Si (220) double bounce	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97926	1
2	0.97925	1
3	0.96403	1

反射

解像度: 2.4→40.053 Å / Num. obs: 70210 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Χ²: 1.367 / Net I/σ(I): 11.759

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.4-2.46	3.4	0.568	1.19	2812	1.184	53.4
2.46-2.52	3.9	0.453		2956	1.209	56.7
2.52-2.59	4.5	0.489		3447	1.006	66.4
2.59-2.66	5.5	0.483		3898	1.011	74.4
2.66-2.75	6.5	0.424		4346	1.001	83.1
2.75-2.85	7.9	0.387		4898	1.017	93.3
2.85-2.96	9.6	0.357		5152	0.972	98.3
2.96-3.09	11	0.266		5263	1.055	99.6
3.09-3.26	12.3	0.213		5245	1.06	99.7
3.26-3.46	12.4	0.14		5261	1.151	99.8
3.46-3.73	12.4	0.095		5297	1.251	99.8
3.73-4.1	12.3	0.078		5308	1.43	99.8
4.1-4.7	12.3	0.068		5325	1.409	99.7
4.7-5.92	12.1	0.079		5431	2.095	99.9
5.92-40.05	11.3	0.068		5571	2.324	98.5

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD set

最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 45.1 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	0	0	22869	3224
ISO_2	0.769	0.703	1.117	0.866	22864	3213
ANO_1	0.482	0	2.404	0	22844	0
ANO_2	0.531	0	2.431	0	22846	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	14.83-45.1	0	0	0	0	220	138
ISO_1	10.78-14.83	0	0	0	0	438	160
ISO_1	8.89-10.78	0	0	0	0	572	166
ISO_1	7.73-8.89	0	0	0	0	690	162
ISO_1	6.94-7.73	0	0	0	0	795	170
ISO_1	6.35-6.94	0	0	0	0	890	167
ISO_1	5.88-6.35	0	0	0	0	972	168
ISO_1	5.51-5.88	0	0	0	0	1052	164
ISO_1	5.2-5.51	0	0	0	0	1107	158
ISO_1	4.94-5.2	0	0	0	0	1180	161
ISO_1	4.71-4.94	0	0	0	0	1264	167
ISO_1	4.51-4.71	0	0	0	0	1307	165
ISO_1	4.33-4.51	0	0	0	0	1353	157
ISO_1	4.18-4.33	0	0	0	0	1420	155
ISO_1	4.04-4.18	0	0	0	0	1491	172
ISO_1	3.91-4.04	0	0	0	0	1527	164
ISO_1	3.79-3.91	0	0	0	0	1565	150
ISO_1	3.69-3.79	0	0	0	0	1651	163
ISO_1	3.59-3.69	0	0	0	0	1666	167
ISO_1	3.5-3.59	0	0	0	0	1709	150
ANO_1	14.83-45.1	0.427	0	2.439	0	214	0
ANO_1	10.78-14.83	0.397	0	2.832	0	438	0
ANO_1	8.89-10.78	0.481	0	2.542	0	572	0
ANO_1	7.73-8.89	0.393	0	3.177	0	690	0
ANO_1	6.94-7.73	0.381	0	3.23	0	795	0
ANO_1	6.35-6.94	0.369	0	3.289	0	890	0
ANO_1	5.88-6.35	0.367	0	3.322	0	972	0
ANO_1	5.51-5.88	0.353	0	3.608	0	1052	0
ANO_1	5.2-5.51	0.397	0	3.104	0	1106	0
ANO_1	4.94-5.2	0.459	0	2.675	0	1177	0
ANO_1	4.71-4.94	0.499	0	2.449	0	1261	0
ANO_1	4.51-4.71	0.532	0	2.187	0	1307	0
ANO_1	4.33-4.51	0.551	0	2.144	0	1353	0
ANO_1	4.18-4.33	0.58	0	1.916	0	1419	0
ANO_1	4.04-4.18	0.589	0	1.904	0	1488	0
ANO_1	3.91-4.04	0.637	0	1.603	0	1525	0
ANO_1	3.79-3.91	0.668	0	1.496	0	1564	0
ANO_1	3.69-3.79	0.699	0	1.352	0	1651	0
ANO_1	3.59-3.69	0.729	0	1.212	0	1664	0
ANO_1	3.5-3.59	0.773	0	1.07	0	1706	0
ISO_2	14.83-45.1	0.593	0.533	1.455	1.454	216	129
ISO_2	10.78-14.83	0.602	0.635	1.685	1.14	438	159
ISO_2	8.89-10.78	0.738	0.679	1.479	0.864	572	165
ISO_2	7.73-8.89	0.71	0.69	1.761	1.069	690	162
ISO_2	6.94-7.73	0.694	0.664	1.611	0.949	795	170
ISO_2	6.35-6.94	0.738	0.684	1.61	1.034	890	167
ISO_2	5.88-6.35	0.729	0.699	1.575	1.009	972	168
ISO_2	5.51-5.88	0.719	0.647	1.543	0.997	1052	164
ISO_2	5.2-5.51	0.76	0.734	1.464	1.095	1107	158
ISO_2	4.94-5.2	0.774	0.728	1.19	0.802	1180	161
ISO_2	4.71-4.94	0.847	0.737	0.836	0.735	1264	167
ISO_2	4.51-4.71	0.825	0.786	0.934	0.606	1307	165
ISO_2	4.33-4.51	0.832	0.781	0.853	0.495	1353	157
ISO_2	4.18-4.33	0.834	0.854	0.774	0.45	1420	155
ISO_2	4.04-4.18	0.842	0.799	0.733	0.429	1491	172
ISO_2	3.91-4.04	0.839	0.798	0.656	0.394	1527	164
ISO_2	3.79-3.91	0.85	0.824	0.63	0.456	1565	150
ISO_2	3.69-3.79	0.835	0.879	0.596	0.356	1651	163
ISO_2	3.59-3.69	0.827	0.789	0.532	0.33	1666	167
ISO_2	3.5-3.59	0.822	0.812	0.475	0.313	1708	150
ANO_2	14.83-45.1	0.364	0	3.277	0	211	0
ANO_2	10.78-14.83	0.558	0	1.983	0	438	0
ANO_2	8.89-10.78	0.484	0	2.845	0	572	0
ANO_2	7.73-8.89	0.384	0	3.761	0	690	0
ANO_2	6.94-7.73	0.359	0	3.939	0	795	0
ANO_2	6.35-6.94	0.347	0	3.962	0	890	0
ANO_2	5.88-6.35	0.364	0	3.885	0	972	0
ANO_2	5.51-5.88	0.352	0	4.195	0	1052	0
ANO_2	5.2-5.51	0.41	0	3.549	0	1107	0
ANO_2	4.94-5.2	0.464	0	3.174	0	1177	0
ANO_2	4.71-4.94	0.517	0	2.783	0	1261	0
ANO_2	4.51-4.71	0.566	0	2.495	0	1307	0
ANO_2	4.33-4.51	0.587	0	2.323	0	1353	0
ANO_2	4.18-4.33	0.656	0	1.955	0	1420	0
ANO_2	4.04-4.18	0.678	0	1.833	0	1489	0
ANO_2	3.91-4.04	0.76	0	1.382	0	1526	0
ANO_2	3.79-3.91	0.754	0	1.412	0	1564	0
ANO_2	3.69-3.79	0.808	0	1.25	0	1651	0
ANO_2	3.59-3.69	0.84	0	1.035	0	1665	0
ANO_2	3.5-3.59	0.874	0	0.955	0	1706	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	13.955	89.948	189.293	SE	71.19	2.01
2	19.521	36.669	148.211	SE	139.34	1.83
3	18.331	21.65	158.028	SE	193.2	1.68
4	4.107	24.512	238.743	SE	176.89	2.91
5	3.822	32.097	256.469	SE	53.62	0.75
6	3.554	17.479	109.221	SE	120.5	1.27
7	17.841	71.083	20.945	SE	300	3.45
8	2.854	89.997	148.748	SE	161.18	2.59
9	3.311	87.234	248.938	SE	180.43	2.16
10	1.263	34.206	60.28	SE	62.59	2.3
11	20.29	1.988	199.016	SE	41.61	1.74
12	13.774	75.255	148.445	SE	64	2.63
13	2.589	27.805	64.405	SE	74.6	2.12
14	2.483	24.862	4.731	SE	69.36	1.92
15	5.884	-0.437	136.015	SE	80.53	2.26
16	19.537	90.397	71.261	SE	70.53	2.21
17	15.851	24.686	29.101	SE	100.47	2.59
18	4.867	-0.236	141.234	SE	62.3	1.74
19	6.509	18.269	37.972	SE	77.52	1.82
20	7.263	68.23	82.568	SE	94.18	2.88
21	10.014	6.167	54.593	SE	101.28	2.85
22	16.446	-0.274	233.284	SE	148.52	2.2
23	8.274	20.731	1.89	SE	55.12	1.03
24	8.846	2.455	152.461	SE	95.64	2.08
25	14.568	34.158	12.826	SE	113.76	2.5
26	2.298	17.823	233.864	SE	110.75	1.56
27	18.288	-0.729	238.257	SE	212.28	3.27
28	18.664	4.438	191.854	SE	146.33	2.14
29	10.175	79.469	59.731	SE	274.97	4.41
30	79.107	62.797	27.93	SE	226.29	2.21
31	9.397	22.72	1.732	SE	67.86	1.09
32	62.848	55.037	18.514	SE	190.5	1.59
33	57.467	19.929	41.395	SE	71.16	1.21
34	62.275	9.298	48.635	SE	126.82	1.05
35	63.471	51.799	16.071	SE	214.48	1.79
36	46.148	13.995	12.112	SE	261.1	2.35
37	56.789	18.363	39.92	SE	65.07	1.45
38	44.466	25.807	29.771	SE	77.72	0.94
39	62.449	46.032	18.867	SE	300	2.51

Phasing dm

FOM : 0.58 / FOM acentric: 0.58 / FOM centric: 0.6 / 反射: 53398 / Reflection acentric: 48290 / Reflection centric: 5108

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.7-45.812	0.97	0.98	0.94	2587	1955	632
4.8-7.7	0.91	0.93	0.8	7705	6634	1071
3.8-4.8	0.87	0.88	0.74	9484	8512	972
3.4-3.8	0.7	0.71	0.59	9483	8668	815
2.9-3.4	0.34	0.34	0.31	16276	15093	1183
2.7-2.9	0.14	0.14	0.16	7863	7428	435

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
RESOLVE	2.06	位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.6→40.053 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / WR_factor R_free: 0.258 / WR_factor R_work: 0.241 / SU B: 22.64 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.403 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.261	3047	5.062 %	RANDOM
R_work	0.239	-	-	-
obs	0.24	60191	96.072 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.106 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.692 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.414 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.722 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→40.053 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8644	0	50	64	8758

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	8835
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.469	1.972	11901
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.507	5	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.4	25.211	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.433	15	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.797	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	4025
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	6089
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.319	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.249	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.707	1.5	5576
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.184	2	8689
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.998	3	3619
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.223	4.5	3209

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1333	MEDIUM POSITIONAL	0.11	0.05
1	1333	MEDIUM THERMAL	1.06	2
2	1323	MEDIUM POSITIONAL	0.07	0.05
2	1323	MEDIUM THERMAL	1.09	2
3	1323	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.05
3	1323	MEDIUM THERMAL	1.03	2
4	758	MEDIUM POSITIONAL	0.09	0.05
4	758	MEDIUM THERMAL	1.24	2
5	535	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.05
5	535	MEDIUM THERMAL	0.94	2
6	558	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.05
6	558	MEDIUM THERMAL	0.86	2
7	80	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.05
7	80	MEDIUM THERMAL	1.3	2
8	80	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.05
8	80	MEDIUM THERMAL	0.76	2
9	80	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.05
9	80	MEDIUM THERMAL	0.6	2
10	153	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.05
10	153	MEDIUM THERMAL	0.93	2
11	136	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.05
11	136	MEDIUM THERMAL	0.88	2

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6-2.668	0.422	169	0.4	3286	4556	75.834
2.668-2.741	0.405	210	0.343	3530	4480	83.482
2.741-2.82	0.336	202	0.339	3759	4294	92.245
2.82-2.907	0.341	226	0.312	3862	4210	97.102
2.907-3.002	0.274	210	0.259	3868	4113	99.149
3.002-3.107	0.268	208	0.232	3721	3943	99.645
3.107-3.225	0.301	193	0.251	3638	3840	99.766
3.225-3.356	0.288	183	0.25	3487	3675	99.864
3.356-3.505	0.274	182	0.246	3376	3564	99.832
3.505-3.676	0.234	166	0.236	3185	3356	99.851
3.676-3.875	0.256	144	0.235	3097	3242	99.969
3.875-4.11	0.228	137	0.224	2942	3083	99.87
4.11-4.393	0.225	142	0.213	2741	2890	99.758
4.393-4.745	0.235	138	0.201	2563	2704	99.889
4.745-5.197	0.23	134	0.222	2348	2482	100
5.197-5.809	0.313	126	0.265	2144	2270	100
5.809-6.706	0.267	92	0.239	1918	2010	100
6.706-8.208	0.263	86	0.234	1664	1751	99.943
8.208-11.585	0.183	63	0.169	1293	1368	99.123
11.585-132.453	0.206	36	0.26	722	821	92.326

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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