PDB-2idh: Crystal Structure of human FE65 WW domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2idh

タイトル

Crystal Structure of human FE65 WW domain

要素

Amyloid beta A4 protein-binding family B member 1

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) /

WW domain (WWドメイン) / FE65

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / proline-rich region binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / smooth muscle contraction /

軸索誘導 / positive regulation of protein secretion / positive regulation of neuron projection development / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks /

lamellipodium / chromatin organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Meiyappan, M. / Birrane, G. / Ladias, J.A.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural Basis for Polyproline Recognition by the FE65 WW Domain.
著者: Meiyappan, M. / Birrane, G. / Ladias, J.A.

履歴

登録	2006年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年9月17日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 600

HETEROGEN ATOMS MISSING FROM TETRAETHYLENE GLYCOL, PG4, WERE NOT MODELED DUE TO LACK OF ELECTRON DENSITY.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2idh.cif.gz	66.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2idh.ent.gz	51.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2idh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/2idh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/2idh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ho2C 2oeiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6v6t-d 2mld-d 2z3s-d 1ery-d 5ngn-3 2fj4-d 6mzt-d 6ava-2 6atl-2 2kht-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Amyloid beta A4 protein-binding family B member 1

B: Amyloid beta A4 protein-binding family B member 1

C: Amyloid beta A4 protein-binding family B member 1

D: Amyloid beta A4 protein-binding family B member 1

E: Amyloid beta A4 protein-binding family B member 1

F: Amyloid beta A4 protein-binding family B member 1

G: Amyloid beta A4 protein-binding family B member 1

H: Amyloid beta A4 protein-binding family B member 1

ヘテロ分子

35.1 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Amyloid beta A4 protein-binding family B member 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
4.48 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Amyloid beta A4 protein-binding family B member 1

登録者が定義した集合体
4.19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Amyloid beta A4 protein-binding family B member 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
4.39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Amyloid beta A4 protein-binding family B member 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
4.48 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Amyloid beta A4 protein-binding family B member 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
4.39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Amyloid beta A4 protein-binding family B member 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
4.39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: Amyloid beta A4 protein-binding family B member 1

登録者が定義した集合体
4.19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: Amyloid beta A4 protein-binding family B member 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
4.58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.610, 75.610, 226.489
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-312- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	G
3	1	F
1	2	E
2	2	H
3	2	C
1	3	A
2	3	B
1	4	C
2	4	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 259 - 279 / Label seq-ID: 8 - 28

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	G	G
3	1	F	F
1	2	E	E
2	2	H	H
3	2	C	C
1	3	A	A
2	3	B	B
1	4	C	C
2	4	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質・ペプチド	Amyloid beta A4 protein-binding family B member 1 / Fe65 protein 分子量: 4194.533 Da / 分子数: 8 / 断片: WW domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APBB1, FE65 / プラスミド: pGEX-KT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00213
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.2M Ammonium Sulfate, 0.1M hepes 7.5, 2% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X12C	1	0.975
シンクロトロン	NSLS	X12C	2	0.9789

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2005年6月29日
ADSC QUANTUM 210	2	CCD	2005年6月28日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.975	1
2	0.9789	1

反射

解像度: 2.19→50 Å / Num. all: 20708 / Num. obs: 20584 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.045 / R_sym value: 0.036 / Net I/σ(I): 43.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.28→37.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 6.124 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28185	924	5 %	RANDOM
R_work	0.2167	-	-	-
all	0.244	18339	-	-
obs	0.21976	17415	99.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→37.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2036	0	62	119	2217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.925	1.92	3012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.025	3	3513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	12.181	5	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.863	23.061	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.145	15	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.029	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2375
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	451
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.204	0.2	968
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.096	0.2	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.21	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.23	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.2	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.574	1.5	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.369	1.5	490
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.893	2	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.552	3	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.224	4.5	968

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	121	medium positional	0.17	0.5
1	2	G	121	medium positional	0.18	0.5
1	3	F	121	medium positional	0.31	0.5
2	1	E	121	medium positional	0.71	0.5
2	2	H	121	medium positional	0.56	0.5
2	3	C	121	medium positional	0.44	0.5
3	1	A	123	medium positional	0.34	0.5
4	1	C	121	medium positional	0.58	0.5
1	1	A	164	loose positional	0.42	5
1	2	G	164	loose positional	0.64	5
1	3	F	164	loose positional	0.64	5
2	1	E	154	loose positional	0.88	5
2	2	H	154	loose positional	0.79	5
2	3	C	154	loose positional	0.84	5
3	1	A	172	loose positional	0.89	5
4	1	C	154	loose positional	1.02	5
1	1	A	121	medium thermal	2.83	2
1	2	G	121	medium thermal	3.29	2
1	3	F	121	medium thermal	1.35	2
2	1	E	121	medium thermal	1.7	2
2	2	H	121	medium thermal	4.13	2
2	3	C	121	medium thermal	2.68	2
3	1	A	123	medium thermal	2.69	2
4	1	C	121	medium thermal	2.92	2
1	1	A	164	loose thermal	3.64	10
1	2	G	164	loose thermal	3.92	10
1	3	F	164	loose thermal	2.39	10
2	1	E	154	loose thermal	2.53	10
2	2	H	154	loose thermal	5.79	10
2	3	C	154	loose thermal	3.79	10
3	1	A	172	loose thermal	2.51	10
4	1	C	154	loose thermal	3.79	10

LS精密化シェル

解像度: 2.28→2.339 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	73	-
R_work	0.222	1256	-
obs	-	-	99.7 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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