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- PDB-2id9: 1.85 A Structure of T87I/Y106W Phosphono-CheY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2id9
タイトル1.85 A Structure of T87I/Y106W Phosphono-CheY
要素Chemotaxis protein cheY走化性
キーワードSIGNALING PROTEIN / alpha beta protein Flavodoxin-like topology Rossman fold
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / phosphorelay response regulator activity ...bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / bacterial-type flagellum / regulation of chemotaxis / thermotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / phosphorelay response regulator activity / acetyltransferase activity / phosphorelay signal transduction system / 走化性 / magnesium ion binding / シグナル伝達 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chemotaxis protein CheY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Halkides, C.J. / Haas, R.M. / McAdams, K.A. / Casper, E.S. / Santarsiero, B.D. / Mesecar, A.D.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2008
タイトル: The structures of T87I phosphono-CheY and T87I/Y106W phosphono-CheY help to explain their binding affinities to the FliM and CheZ peptides.
著者: McAdams, K. / Casper, E.S. / Matthew Haas, R. / Santarsiero, B.D. / Eggler, A.L. / Mesecar, A. / Halkides, C.J.
履歴
登録2006年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年5月28日Group: Other
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年7月26日Group: Advisory / Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / pdbx_database_remark ...atom_site / pdbx_database_remark / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemotaxis protein cheY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0981
ポリマ－14,0981
非ポリマー00
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.350, 49.960, 53.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Chemotaxis protein cheY / 走化性


分子量: 14098.288 Da / 分子数: 1 / 変異: D57(CyQ) T87I Y106W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cheY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 DE3 / 参照: UniProt: P0AE67
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.84
詳細: 20% PEG 8000, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M MES-NaOH, pH 5.84, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 11203 / % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 0.934
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.75-1.780.1493211.235157.3
1.78-1.810.1614501.034177.5
1.81-1.850.1425360.879192.6
1.85-1.890.1295600.958196.6
1.89-1.930.125500.851195.5
1.93-1.970.0995640.936198.9
1.97-2.020.0935681.006197.8
2.02-2.070.0825691.043197.6
2.07-2.140.0815681.027199.5
2.14-2.20.0725771.061198.5
2.2-2.280.075811.135198.6
2.28-2.380.0635751.064198.8
2.38-2.480.0615841.07199.3
2.48-2.610.0585901.033199.5
2.61-2.780.0525820.971199.5
2.78-2.990.0516000.949199.8
2.99-3.290.0455870.832199.7
3.29-3.770.0386020.714199.2
3.77-4.750.0346030.635198
4.75-500.0316360.577193.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C4W

1c4w


解像度: 1.75→20 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 569 4.8 %
Rwork0.17 --
obs-10988 93.7 %
溶媒の処理Bsol: 50.912 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 19.724 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.077 Å20 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.203 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数985 0 0 79 1064
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014597
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4295
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.93 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311793 418 -
Rwork0.24212 --
obs-8281 86.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1newprotein.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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