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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2id0 | ||||||
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Title | Escherichia coli RNase II | ||||||
![]() | Exoribonuclease 2![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zuo, Y. / Zhang, J. / Wang, Y. / Malhotra, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis for Processivity and Single-Strand Specificity of RNase II. Authors: Zuo, Y. / Vincent, H.A. / Zhang, J. / Wang, Y. / Deutscher, M.P. / Malhotra, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 486.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 411.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 73292.164 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.49 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 25.5% PEG 2000 MME, 0.36 M MgCl2, 0.5 mM MnCl2, 5 mM DTT, 2 mM 3',5'-ADP, 0.1 M Tris-Cl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 18, 2005 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.34→17.95 Å / Num. obs: 117653 / % possible obs: 92.7 % / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 23.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.34→2.42 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 8815 / % possible all: 69.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.291 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→17.95 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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