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万見
- PDB-2ic4: Solution structure of the His402 allotype of the Factor H SCR6-SC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ic4
タイトルSolution structure of the His402 allotype of the Factor H SCR6-SCR7-SCR8 fragment
要素Complement factor HFactor H
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Factor H / X-ray scattering / homology modelling / ultracentrifugation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of complement activation, alternative pathway / symbiont cell surface / complement component C3b binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / heparan sulfate proteoglycan binding / serine-type endopeptidase complex / complement activation, alternative pathway / 補体 / Regulation of Complement cascade ...regulation of complement activation, alternative pathway / symbiont cell surface / complement component C3b binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / heparan sulfate proteoglycan binding / serine-type endopeptidase complex / complement activation, alternative pathway / 補体 / Regulation of Complement cascade / heparin binding / blood microparticle / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement factor H
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液散乱 / シンクロトロン
Model type detailsCA ATOMS ONLY
データ登録者Fernando, A.N. / Furtado, P.B. / Gilbert, H.E. / Clark, S.J. / Day, A.J. / Sim, R.B. / Perkins, S.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Associative and Structural Properties of the Region of Complement Factor H Encompassing the Tyr402His Disease-related Polymorphism and its Interactions with Heparin.
著者: Fernando, A.N. / Furtado, P.B. / Clark, S.J. / Gilbert, H.E. / Day, A.J. / Sim, R.B. / Perkins, S.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Folded-back Solution Structure of Monomeric Factor H of Human Complement by Synchrotron X-ray and Neutron Scattering, Analytical Ultracentrifugation and Constrained Molecular Modelling
著者: Aslam, M. / Perkins, S.J.
履歴
登録2006年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement factor H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1421
ポリマ－21,1421
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Complement factor H / Factor H / H factor 1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 21141.785 Da / 分子数: 1 / 断片: Factor H SCR6-SCR7-SCR8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFH, HF, HF1 / プラスミド: pET14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P08603

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液散乱

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試料調製

結晶化温度: 288 K / pH: 7.3 / 詳細: SOLUTION, pH 7.3, temperature 288K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12881
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID09 / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Soln scatterタイプ: x-ray
Buffer name: 9.6 MM NA, K PHOSPHATE 137 MM NACL 3 MM KCL 8 MM NA2HPO4 1 MM KH2PO4
Conc. range: 0.38-0.55 / Data analysis software list: SCTPL7, GNOM / Data reduction software list: MULTICCD / 検出器タイプ: FRELON CCD CAMERA / Mean guiner radius: 3.12 nm / Mean guiner radius esd: 0.16 nm / Min mean cross sectional radii gyration: 1.04 nm / Min mean cross sectional radii gyration esd: 0.06 nm / Num. of time frames: 10 / Protein length: 0.5 / Sample pH: 7.3 / Source beamline: IDO2 / Source class: Y / Source type: ESRF GRENOBLE / 温度: 288 K

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCTPL7モデル構築
GNOMモデル構築
Insight IIII 98モデル構築
SCTPLV. 7位相決定
GNOM位相決定
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数187 0 0 0 187
Soln scatter model詳細: THE INFORMATION FOR THE HIS402 ALLOTYPE IS LISTED FIRST IN REMARK 265. THE INFORMATION FOR THE TYR402 ALLOTYPE IS LISTED SECOND. THE COORDINATES CONTAIN ONLY CA ATOMS. THE SECOND SET OF RADII: ...詳細: THE INFORMATION FOR THE HIS402 ALLOTYPE IS LISTED FIRST IN REMARK 265. THE INFORMATION FOR THE TYR402 ALLOTYPE IS LISTED SECOND. THE COORDINATES CONTAIN ONLY CA ATOMS. THE SECOND SET OF RADII: MEAN RADIUS OF GYRATION IS 3.26 NM WITH SIGMA MEAN 0.20. R MEAN CROSS SECTIONAL RADII IS 1.15 NM WITH SIGMA MEAN 0.13.
Num. of conformers submitted: 1 / Software list: INSIGHT II, SCTPL7, GNOM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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