PDB-2i6y: Structure and Mechanism of Mycobacterium tuberculosis Salicylate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2i6y

タイトル

Structure and Mechanism of Mycobacterium tuberculosis Salicylate Synthase, MbtI

要素

Anthranilate synthase component I, putative

アントラニル酸シンターゼ

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

beta sheet (Βシート)

機能・相同性

機能・相同性情報

isochorismate lyase /

isochorismate pyruvate lyase activity / catechol-containing siderophore biosynthetic process /

イソコリスミ酸シンターゼ /

isochorismate synthase activity / oxo-acid-lyase activity / salicylic acid biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation /

chorismate mutase /

chorismate mutase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Zwahlen, J. / Subramaniapillai, K. / Zhou, R. / Kisker, C. / Tonge, P.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structure and mechanism of MbtI, the salicylate synthase from Mycobacterium tuberculosis
著者: Zwahlen, J. / Kolappan, S. / Zhou, R. / Kisker, C. / Tonge, P.J.

履歴

登録	2006年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2i6y.cif.gz	91.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2i6y.ent.gz	67.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2i6y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/2i6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/2i6y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3veh-3 4zp0-d 3rv7-3 6za6-4 6vhw-1 3st6-1 3log-3 5m6r-1 6za6-1 3t6w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Anthranilate synthase component I, putative

51 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.206, 143.603, 123.759
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Anthranilate synthase component I, putative / アントラニル酸シンターゼ / PUTATIVE ISOCHORISMATE SYNTHASE / Salicylate Synthase 分子量: 50950.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mbtI, MT2454, Rv2386c / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q7D785, UniProt: P9WFX1*PLUS, アントラニル酸シンターゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Anthranilate synthase component I, putative /

アントラニル酸シンターゼ / PUTATIVE ISOCHORISMATE SYNTHASE / Salicylate Synthase

分子量: 50950.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: mbtI, MT2454, Rv2386c / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q7D785, UniProt: P9WFX1*PLUS,

アントラニル酸シンターゼ

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 2M sodium formate, 0.1M sodium acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X26C / 波長: 1.0698, 0.9745, 0.97971

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月1日

放射

モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0698	1
2	0.9745	1
3	0.97971	1

Reflection

D res high: 3.2 Å / D res low: 50 Å

ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
1	24.3	54487	0.06	1.46	14336	100
2	23.6	54729	0.057	1.42	14333	99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
7.88	50	99.4	1	0.044	0.996
6.26	7.88	100	1	0.05	1.132
5.47	6.26	100	1	0.054	1.357
4.97	5.47	100	1	0.054	1.397
4.61	4.97	100	1	0.051	1.454
4.34	4.61	100	1	0.053	1.423
4.13	4.34	100	1	0.059	1.622
3.95	4.13	100	1	0.062	1.592
3.79	3.95	100	1	0.066	1.638
3.66	3.79	100	1	0.067	1.489
3.55	3.66	100	1	0.076	1.542
3.45	3.55	100	1	0.081	1.552
3.36	3.45	100	1	0.093	1.538
3.27	3.36	100	1	0.108	1.662
3.2	3.27	100	1	0.104	1.581
7.88	50	98.7	2	0.042	0.892
6.26	7.88	100	2	0.045	0.996
5.47	6.26	99.9	2	0.051	1.24
4.97	5.47	100	2	0.05	1.227
4.61	4.97	100	2	0.049	1.291
4.34	4.61	100	2	0.052	1.345
4.13	4.34	100	2	0.055	1.468
3.95	4.13	100	2	0.057	1.362
3.79	3.95	100	2	0.062	1.517
3.66	3.79	100	2	0.066	1.729
3.55	3.66	100	2	0.075	1.7
3.45	3.55	100	2	0.08	1.714
3.36	3.45	100	2	0.09	1.67
3.27	3.36	100	2	0.107	1.665
3.2	3.27	100	2	0.104	1.531

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 15613 / Num. obs: 15501 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 64.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / R_sym value: 0.062 / Χ²: 1.253 / Net I/σ(I): 12.6

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.56	0.771	1009	1.665	1	98.2
2.56-2.62	0.651	1009	1.177	1	99.9
2.62-2.69	0.448	1031	1.278	1	99.8
2.69-2.77	0.415	1024	1.251	1	100
2.77-2.86	0.336	1012	1.48	1	99.8
2.86-2.96	0.252	1035	1.238	1	100
2.96-3.08	0.197	1028	1.309	1	99.9
3.08-3.22	0.146	1022	1.395	1	99.4
3.22-3.39	0.117	1020	1.772	1	98.9
3.39-3.61	0.073	1044	1.276	1	99.8
3.61-3.88	0.052	1028	1.181	1	99.8
3.88-4.27	0.04	1053	1.068	1	99.5
4.27-4.89	0.035	1047	0.996	1	99.1
4.89-6.16	0.034	1055	0.929	1	98.3
6.16-50	0.028	1084	0.821	1	95.1

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	2 wavelength	1	0.9745	13.16	-4.4
1	2 wavelength	2	0.9797	10.29	-9.01

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.465	0.101	0.043	0.69
2	Se	52.55	0.048	0.203	0.219	0.578
3	Se	37.428	0.766	0.086	0.061	0.471
4	Se	60	0.432	0.403	0.077	0.526
5	Se	60	0.593	0.086	0.14	0.6
6	Se	60	0.838	0.055	0.006	0.615

Phasing dm

FOM : 0.8 / FOM acentric: 0.81 / FOM centric: 0.73 / 反射: 7656 / Reflection acentric: 6541 / Reflection centric: 1115

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
9.1-19.832	0.92	0.94	0.87	338	227	111
5.7-9.1	0.89	0.91	0.83	1067	841	226
4.6-5.7	0.88	0.9	0.78	1289	1086	203
4-4.6	0.87	0.89	0.73	1280	1114	166
3.4-4	0.77	0.78	0.68	2286	2018	268
3.2-3.4	0.62	0.64	0.5	1396	1255	141

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.08	位相決定
RESOLVE	2.08	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 34.462 / SU ML: 0.331 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.681 / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.294	776	5 %	RANDOM
R_work	0.232	-	-	-
all	0.268	15601	-	-
obs	0.252	15469	99.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.915 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3086	0	0	3	3089

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	3142
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.822	1.97	4281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.278	5	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.837	22.283	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.947	15	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.943	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	503
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2404
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.255	0.2	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.268	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.241	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.622	1.5	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.094	2	3303
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.649	3	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.688	4.5	978

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.422	55	-
R_work	0.422	1032	-
obs	-	1087	97.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 40.17 Å / Origin y: 48.469 Å / Origin z: 72.0486 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0841 Å²	0.0127 Å²	-0.0422 Å²	-	0.072 Å²	0.0182 Å²	-	-	-0.0313 Å²
L	1.2456 °²	0.022 °²	-0.1781 °²	-	2.2968 °²	-1.1048 °²	-	-	2.2485 °²
S	0.0399 Å °	0.1782 Å °	-0.0301 Å °	-0.4364 Å °	-0.01 Å °	0.1087 Å °	0.127 Å °	0.0013 Å °	-0.0299 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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