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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i42 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Yersinia protein tyrosine phosphatase complexed with vanadate, a transition state analogue | ||||||
要素 | Tyrosine-protein phosphatase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Yersinia PTPase / vanadate (バナジン酸塩) / transition state analogue | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Vijayalakshmi, J. / Saper, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of Yersinia protein tyrosine phosphatase complexed with vanadate, a transition state analogue 著者: Vijayalakshmi, J. / Saper, M.A. #1: ジャーナル: PROC.NATL.ACAD.SCI.USA / 年: 1995 タイトル: Visualization of intermediate and transition-state structures in protein tyrosine phosphatase catalysis. 著者: Denu, J.M. / Lohse, D.L. / Vijayalakshmi, J. / Saper, M.A. / Dixon, J.E. #2: ジャーナル: PROTEIN SCI. / 年: 1995 タイトル: A ligand-induced conformational change in the Yersinia protein tyrosine phosphatase. 著者: Schubert, H.L. / Fauman, E.B. / Stuckey, J.A. / Dixon, J.E. / Saper, M.A. #3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994 タイトル: Dissecting the catalytic mechanism of protein tyrosine phosphatases. 著者: Zhang, Z.-Y. / Wang, Y. / Dixon, J.E. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN VANADATE IS IN A TRIGONAL BIPYRAMIDAL GEOMETRY AND THE VANADIUM ATOM IS COVALENTLY BONDED ...HETEROGEN VANADATE IS IN A TRIGONAL BIPYRAMIDAL GEOMETRY AND THE VANADIUM ATOM IS COVALENTLY BONDED TO SG ATOM OF CYS 403 WITH A BONDING DISTANCE OF 2.52 A. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2i42.cif.gz | 73.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2i42.ent.gz | 52.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2i42.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/2i42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/2i42 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33553.883 Da / 分子数: 1 / 断片: Tyrosine-protein phosphatase / 変異: C235R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) 株: W22703 / 遺伝子: yopH, yop51 / プラスミド: pT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P15273, プロテインチロシンホスファターゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-VO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.25 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 400 mM NaCl, 14% PEG 4K, 5% 2-proponol .15% BME, 100mM Tris HCl pH 8.5, 1mM vanadate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→10 Å / Num. all: 13593 / Num. obs: 13593 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.02 % / Rmerge(I) obs: 0.079 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.3 Å / 冗長度: 2.14 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Num. unique all: 1336 / % possible all: 74.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entries 1YTW and 1YTS 解像度: 2.2→7 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Residues Met163-Val186 were not included in the refinement due to missing electron densities.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å /
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