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Yorodumi- PDB-2i00: Crystal structure of acetyltransferase (GNAT family) from Enteroc... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2i00 | ||||||
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Title | Crystal structure of acetyltransferase (GNAT family) from Enterococcus faecalis | ||||||
Components | Acetyltransferase, GNAT family | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / acetyltransferase / GNAT family / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Enterococcus faecalis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Zhang, R. / Zhou, M. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published / Year: 2006 Title: The crystal structure of the acetyltransferase (GNAT family) from Enterococcus faecalis Authors: Zhang, R. / Zhou, M. / Moy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2i00.cif.gz | 483.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2i00.ent.gz | 404.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2i00.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/2i00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/2i00 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Details | This protein exists as dimer. Molecules A and B, molecules C and D, molecules E and F are three dimers in the asymmetric unit. |
-Components
#1: Protein | Mass: 48077.145 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus faecalis (bacteria) / Strain: V583 / Gene: EF_2353 / Plasmid: PDM68 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q831Y9, amino-acid N-acetyltransferase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.2M Tri-sodium citrate dihydrate, 20% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9798 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 20, 2006 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 channel / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9798 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. all: 117708 / Num. obs: 116355 / % possible obs: 98.85 % / Observed criterion σ(F): 2 / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.06 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 89.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→41.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 18.876 / SU ML: 0.223 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.381 / ESU R Free: 0.265 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.709 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→41.92 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 44.9728 Å / Origin y: 26.1278 Å / Origin z: 126.1672 Å
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Refinement TLS group |
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