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- PDB-2hub: Structure of Hen Egg-White Lysozyme Determined from crystals grow... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hub
タイトルStructure of Hen Egg-White Lysozyme Determined from crystals grown in pH 7.5
要素Lysozyme C
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / tetragonal (正方晶系) / hen egg-white lysozyme / alkaline pH 7.5
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / リゾチーム / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / リゾチーム / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ギ酸 / プロピオン酸 / D(-)-TARTARIC ACID / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.201 Å
データ登録者Frolow, F. / Lagziel-Simis, S. / Cohen-Hadar, N. / Wine, Y. / Freeman, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Monitoring influence of pH on the molecular and crystal structure of hen egg-white tetragonal lysozyme
著者: Lagziel-Simis, S. / Wine, Y. / Cohen-Hadar, N. / Freeman, A. / Frolow, F.
履歴
登録2006年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42024年4月3日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9257
ポリマ－14,3311
非ポリマー5946
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.861, 76.861, 35.867
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-6004-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lysozyme C / E.C.3.2.1.17 / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d 4 / Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: C-TERMINAL REGIONS IN SYMMETRY RELATED MOLECULES ASSUME MUTUALLY EXCLUSIVE CONFORMATIONS
由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム

-
非ポリマー , 7種, 168分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID / プロピオン酸 / プロピオン酸


分子量: 74.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O2
#6: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸 / 酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#7: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法, douglas instrument robot / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES-Na pH 7.5, 0.8M Potassium Sodium Tartrate tetrahydrate, Microbatch, Douglas Instrument robot, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9737 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月16日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9737 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.201→54.31 Å / Num. all: 33587 / Num. obs: 33587 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 10.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Χ2: 1.682 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.201→1.22 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1242 / Rsym value: 0.419 / Χ2: 1.173 / % possible all: 74.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2精密化
HKL-2000データ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: In-house structure

解像度: 1.201→54.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.687 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.173 1688 5 %RANDOM
Rwork0.137 ---
all0.138 33538 --
obs0.138 33538 98.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.052 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.12 Å20 Å20 Å2
2---1.12 Å20 Å2
3---2.25 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.033 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.201→54.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1069 0 35 165 1269
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211126
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02790
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6971.9341528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1853.0081888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9765142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.80822.80757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.51115182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.9041514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2155
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02251
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.250.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2150.2891
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.2569
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2630.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2910.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2983671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4113279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.05551071
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.487482
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.7710453
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.01532059
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.2463163
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.75631890
LS精密化 シェル解像度: 1.201→1.232 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 90 -
Rwork0.283 1942 -
obs-2032 82.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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