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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ht8 | ||||||
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タイトル | N8 neuraminidase in complex with oseltamivir | ||||||
要素 | Neuraminidaseノイラミニダーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / N8 / neuraminidase (ノイラミニダーゼ) / oseltamivir (オセルタミビル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Russell, R.J. / Haire, L.F. / Stevens, D.J. / Collins, P.J. / Lin, Y.P. / Blackburn, G.M. / Hay, A.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2006 タイトル: The structure of H5N1 avian influenza neuraminidase suggests new opportunities for drug design. 著者: Russell, R.J. / Haire, L.F. / Stevens, D.J. / Collins, P.J. / Lin, Y.P. / Blackburn, G.M. / Hay, A.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ht8.cif.gz | 85.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ht8.ent.gz | 67.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ht8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/2ht8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/2ht8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43157.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / 参照: UniProt: Q07599, ノイラミニダーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-G39 / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Imidazole, MPD, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 17000 / Num. obs: 16124 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / % possible all: 63.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: waters picked at level greater than 3
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
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拘束条件 |
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