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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hrp | ||||||
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タイトル | ANTIGEN-ANTIBODY COMPLEX | ||||||
要素 |
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キーワード | COMPLEX (IMMUNOGLOBULIN/PEPTIDE) / FAB FRAGMENT / CROSS-REACTIVITY (交差反応性) / HIV1 PROTEASE / ENZYME INHIBITION (酵素阻害剤) / COMPLEX (IMMUNOGLOBULIN-PEPTIDE) / COMPLEX (IMMUNOGLOBULIN-PEPTIDE) complex | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / : / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Lescar, J. / Bentley, G.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: Three-dimensional structure of an Fab-peptide complex: structural basis of HIV-1 protease inhibition by a monoclonal antibody. 著者: Lescar, J. / Stouracova, R. / Riottot, M.M. / Chitarra, V. / Brynda, J. / Fabry, M. / Horejsi, M. / Sedlacek, J. / Bentley, G.A. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996 タイトル: Preliminary Crystallographic Studies of an Anti-HIV-1 Protease Antibody that Inhibits Enzyme Activity 著者: Lescar, J. / Stouracova, R. / Riottot, M.M. / Chitarra, V. / Brynda, J. / Fabry, M. / Horejsi, M. / Sedlacek, J. / Bentley, G.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hrp.cif.gz | 185.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hrp.ent.gz | 149.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hrp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/2hrp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/2hrp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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3 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23981.467 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA / 株: BALB/C / 参照: GenBank: 600718 #2: 抗体 | 分子量: 24336.324 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA / 株: BALB/C / 参照: GenBank: 600716 #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1202.491 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 36 - 46 / 由来タイプ: 組換発現 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.89 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月3日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→100 Å / Num. obs: 49323 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 98.7 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1FBI 解像度: 2.2→7 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Data cutoff high absF: 100000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.05 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 35173 / Rfactor all: 0.217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.25 |