PDB-2hpi: Eubacterial and Eukaryotic Replicative DNA Polymerases are not Ho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hpi

タイトル

Eubacterial and Eukaryotic Replicative DNA Polymerases are not Homologous: X-ray Structure of DNA Polymerase III

要素

DNA polymerase III alpha subunit

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Pol-beta-like Nucleotidyltransferase fold

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-5' exonuclease activity /

DNA複製 /

nucleic acid binding /

DNAポリメラーゼ /

DNA-directed DNA polymerase activity /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Bailey, S. / Wing, R.A. / Steitz, T.A.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: The Structure of T. aquaticus DNA Polymerase III Is Distinct from Eukaryotic Replicative DNA Polymerases.
著者: Bailey, S. / Wing, R.A. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2006年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hpi.cif.gz	238.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hpi.ent.gz	189 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hpi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/2hpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/2hpi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hpmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hpm-d 20220 5bqm-d 20215 3eh8-d 6owo-d 3c6q-d 6oxl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (2) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: DNA polymerase III alpha subunit

ヘテロ分子

138 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: DNA polymerase III alpha subunit

ヘテロ分子

A: DNA polymerase III alpha subunit

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
276 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.146, 186.875, 125.834
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	DNA polymerase III alpha subunit 分子量: 137579.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) 遺伝子: dnaE / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9XDH5, DNAポリメラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 550 MME 0.2M NaCl 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→20 Å / Num. all: 40361 / Num. obs: 40361 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 80.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SnB		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 45.122 / SU ML: 0.366 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.629 / ESU R Free: 0.414
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27484	2010	5 %	RANDOM
R_work	0.22239	-	-	-
obs	0.22495	38236	97.52 %	-
all	-	40246	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 127.557 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.97 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9127	0	6	22	9155

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	9307
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.112	1.984	12562
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.932	5	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.111	22.967	455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.11	15	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.516	15	98
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7095
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	4223
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	6205
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	237
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.089	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.153	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.024	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.731	3	5821
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.979	4	9096
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.779	6	3861
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.696	9	3466
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.391	101	-
R_work	0.361	1966	-
obs	-	-	74.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6841	0.7416	1.0732	5.1	-0.0637	3.5901	-0.1704	-0.6416	0.3801	0.6353	0.1424	-0.0346	-0.0938	-0.1193	0.028	-0.3568	0.2599	0.0084	-0.401	-0.1019	-0.4231	-44.057	16.2225	21.7507
2	2.9358	4.9074	2.794	13.6205	7.0702	4.5506	0.7468	-0.3857	0.1193	0.9863	-0.5261	1.0946	-0.031	-2.2137	-0.2206	-0.2068	-0.0594	0.1624	0.2849	0.1289	0.1874	-63.9471	-14.7795	18.8455
3	0.307	0.8106	0.0862	7.2397	-2.2345	1.213	0.0088	-0.0514	-0.1987	0.2397	0.0922	0.0577	-0.3505	-0.6302	-0.1011	-0.4159	-0.128	0.0622	-0.3348	0.1224	-0.3213	-50.692	-21.2341	16.0427
4	7.4348	1.6825	2.0775	6.9869	0.2888	6.4044	0.0364	-0.008	-0.3542	0.0185	-0.1256	1.2371	0.6284	-1.631	0.0892	-0.441	-0.4223	0.0411	0.0617	0.1859	0.1284	-67.939	-39.6703	19.2555
5	7.273	3.1372	1.9749	3.0698	2.5503	2.2167	-0.1465	-0.6059	-0.3542	0.7547	0.2875	-0.8067	0.5673	0.353	-0.1409	0.3613	0.3307	-0.3341	0.1646	0.1495	0.2388	-23.0798	-2.7563	34.3762
6	5.3973	-0.6021	-2.5068	5.3078	-0.188	9.5685	0.0006	-0.043	-0.7176	-0.1947	-0.1046	-0.1799	0.2258	0.2762	0.104	-0.5913	-0.2962	0.0645	-0.6514	0.0522	-0.337	-34.472	-41.0633	18.484
7	7.7661	-2.406	-2.5467	3.591	1.5546	9.1562	-0.5808	-1.5334	0.0538	1.2498	0.5364	0.1836	-0.609	0.2361	0.0444	-0.1167	-0.2531	0.1029	-0.1715	0.2179	-0.2039	-47.7373	-37.3365	45.0311
8	1.7877	0.3661	-0.5823	2.9294	-0.4224	8.1261	-0.2363	0.455	-0.0804	-0.5119	0.0064	-0.4736	0.0801	0.9659	0.2299	-0.395	-0.1448	0.2124	0.0148	-0.0743	-0.1268	-16.7738	-32.3435	-11.7031
9	13.4174	-1.1148	-1.4015	9.1257	0.1258	9.1522	-0.1291	-0.1121	0.6694	-0.104	-0.2287	-0.5942	-0.6168	0.0621	0.3578	-0.2478	-0.0299	-0.2767	0.1781	0.1128	0.1424	-1.8883	-23.1003	16.4564
10	11.1636	-4.4782	4.8253	7.2384	-3.0539	2.5567	0.0721	0.4354	0.2942	0.1758	-0.4208	0.5151	0.9492	0.0342	0.3488	-0.0203	0.0608	-0.1152	0.3191	-0.0606	0.2071	11.8776	-40.8704	23.9221

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 285	5 - 285
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	286 - 305	286 - 305
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	400 - 492	400 - 492
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	575 - 622	575 - 622
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	306 - 399	306 - 399
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	493 - 574	493 - 574
7	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	623 - 699	623 - 699
8	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	814 - 835	814 - 835
9	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	700 - 813	700 - 813
10	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	836 - 1013	836 - 1013
11	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	1014 - 1128	1014 - 1128
12	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	1129 - 1205	1129 - 1205

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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