PDB-2hbl: Structure of the yeast nuclear exosome component, Rrp6p, reveals ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hbl

タイトル

Structure of the yeast nuclear exosome component, Rrp6p, reveals an interplay between the active site and the HRDC domain; Protein in complex with Mn, Zn, and AMP

要素

Exosome complex exonuclease RRP6

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / exosome / RNA metabolism / RNA surveillance /

RNA processing (転写後修飾)

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / U4 snRNA 3'-end processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Midtgaard, S.F. / Assenholt, J. / Jonstrup, A.T. / Van, L.B. / Jensen, T.H. / Brodersen, D.E.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
著者: Midtgaard, S.F. / Assenholt, J. / Jonstrup, A.T. / Van, L.B. / Jensen, T.H. / Brodersen, D.E.

履歴

登録	2006年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hbl.cif.gz	100.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hbl.ent.gz	73 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hbl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/2hbl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/2hbl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hbjSC 2hbkC 2hbmC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hbj-d 2hbk-d 3b94-d 5c0y-1 6p5p-4 6toz-d 4bel-1 5k7u-d 5u7q-3 5u7q-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (3) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (3)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Exosome complex exonuclease RRP6

ヘテロ分子

48.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.846, 110.846, 79.873
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

詳細

The biological assembly is the monomer present in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	Exosome complex exonuclease RRP6 / Ribosomal RNA- processing protein 6 分子量: 47675.125 Da / 分子数: 1 / 断片: Rrp6p central fragment, residues 129-536 / 変異: Y361A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RRP6 / プラスミド: pET30 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta 参照: UniProt: Q12149, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.58 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 12-14% PEG 20000, 0.1M Mes or Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 1.043 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月19日 / 詳細: Si mirrors
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.043 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→36.87 Å / Num. all: 25647 / Num. obs: 25647 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 53.697 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.726 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
MAR345		データ収集
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2HBJ

2hbj

解像度: 2.3→36.87 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29	2459	9.6 %	RANDOM
R_work	0.239	-	-	-
all	0.243	24433	-	-
obs	0.243	24433	95.7 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 36.6 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.211 Å²	-1.332 Å²	0 Å²
2-	-	3.211 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.423 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.41 Å	0.34 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.36 Å	0.33 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3216	0	25	127	3368

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006643
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.23772
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	21.93637
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.85
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used
2.3-2.32	0.354	57	0.323	442	X-RAY DIFFRACTION	49
2.32-2.33	0.377	60	0.33	373	X-RAY DIFFRACTION	49
2.33-2.35	0.356	35	0.318	427	X-RAY DIFFRACTION	49
2.35-2.37	0.356	52	0.321	404	X-RAY DIFFRACTION	49
2.37-2.38	0.299	43	0.315	402	X-RAY DIFFRACTION	49
2.38-2.4	0.355	58	0.338	407	X-RAY DIFFRACTION	49
2.4-2.42	0.429	34	0.34	404	X-RAY DIFFRACTION	49
2.42-2.44	0.289	46	0.305	419	X-RAY DIFFRACTION	49
2.44-2.46	0.323	43	0.295	416	X-RAY DIFFRACTION	49
2.46-2.48	0.349	39	0.287	417	X-RAY DIFFRACTION	49
2.48-2.5	0.354	43	0.29	431	X-RAY DIFFRACTION	49
2.5-2.53	0.344	44	0.277	431	X-RAY DIFFRACTION	49
2.53-2.55	0.372	44	0.3	427	X-RAY DIFFRACTION	49
2.55-2.57	0.318	55	0.287	445	X-RAY DIFFRACTION	49
2.57-2.6	0.35	54	0.259	429	X-RAY DIFFRACTION	49
2.6-2.62	0.359	52	0.283	442	X-RAY DIFFRACTION	49
2.62-2.65	0.378	58	0.301	418	X-RAY DIFFRACTION	49
2.65-2.68	0.32	45	0.29	453	X-RAY DIFFRACTION	49
2.68-2.71	0.36	50	0.261	428	X-RAY DIFFRACTION	49
2.71-2.74	0.309	49	0.267	473	X-RAY DIFFRACTION	49
2.74-2.77	0.334	44	0.289	444	X-RAY DIFFRACTION	49
2.77-2.81	0.391	36	0.277	440	X-RAY DIFFRACTION	49
2.81-2.84	0.261	49	0.25	478	X-RAY DIFFRACTION	49
2.84-2.88	0.314	53	0.273	398	X-RAY DIFFRACTION	49
2.88-2.92	0.282	53	0.251	463	X-RAY DIFFRACTION	49
2.92-2.96	0.338	55	0.251	450	X-RAY DIFFRACTION	49
2.96-3	0.239	55	0.243	453	X-RAY DIFFRACTION	49
3-3.05	0.308	40	0.253	458	X-RAY DIFFRACTION	49
3.05-3.1	0.319	53	0.274	480	X-RAY DIFFRACTION	49
3.1-3.15	0.284	54	0.272	432	X-RAY DIFFRACTION	49
3.15-3.21	0.329	42	0.268	482	X-RAY DIFFRACTION	49
3.21-3.27	0.377	60	0.274	440	X-RAY DIFFRACTION	49
3.27-3.34	0.33	57	0.275	473	X-RAY DIFFRACTION	49
3.34-3.41	0.307	49	0.262	475	X-RAY DIFFRACTION	49
3.41-3.49	0.308	51	0.281	455	X-RAY DIFFRACTION	49
3.49-3.58	0.301	66	0.272	461	X-RAY DIFFRACTION	49
3.58-3.68	0.292	62	0.257	456	X-RAY DIFFRACTION	49
3.68-3.78	0.301	51	0.243	463	X-RAY DIFFRACTION	49
3.78-3.91	0.298	53	0.236	472	X-RAY DIFFRACTION	49
3.91-4.05	0.258	53	0.217	461	X-RAY DIFFRACTION	49
4.05-4.21	0.259	54	0.197	468	X-RAY DIFFRACTION	49
4.21-4.4	0.267	48	0.207	483	X-RAY DIFFRACTION	49
4.4-4.63	0.24	49	0.174	479	X-RAY DIFFRACTION	49
4.63-4.92	0.16	51	0.177	465	X-RAY DIFFRACTION	49
4.92-5.3	0.238	52	0.174	486	X-RAY DIFFRACTION	49
5.3-5.84	0.265	48	0.213	482	X-RAY DIFFRACTION	49
5.84-6.68	0.299	58	0.248	479	X-RAY DIFFRACTION	49
6.68-8.42	0.261	48	0.21	493	X-RAY DIFFRACTION	49
8.42-500.01	0.262	54	0.177	517	X-RAY DIFFRACTION	49

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param
X-RAY DIFFRACTION	4	dna-rna_rep.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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