+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gue | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a complex of griffithsin with N-acetylglucosamine | ||||||
要素 | griffithsin | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / griffithsin / lectins (レクチン) / domain swapping / mannose binding (マンノース) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / SARS (重症急性呼吸器症候群) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-acetylgalactosamine binding / D-glucose binding / D-mannose binding / carbohydrate binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Griffithsia (真核生物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å | ||||||
データ登録者 | Ziolkowska, N.E. / Wlodawer, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2006 タイトル: Domain-swapped structure of the potent antiviral protein griffithsin and its mode of carbohydrate binding. 著者: Ziolkowska, N.E. / O'keefe, B.R. / Mori, T. / Zhu, C. / Giomarelli, B. / Vojdani, F. / Palmer, K.E. / McMahon, J.B. / Wlodawer, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gue.cif.gz | 63.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2gue.ent.gz | 47.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gue.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/2gue ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/2gue | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12726.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Griffithsia (真核生物) / 属: Griffithsia 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ) 参照: UniProt: P84801 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 糖 | ChemComp-NAG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.18 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 30% PEG 4000; crystal soaked in a reservoir solution supplemented with 50mM N-acetylglucosamine, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→50 Å / Num. all: 13606 / Num. obs: 13606 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.085 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.09 Å / % possible all: 56 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2GTY 解像度: 2.02→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 11.632 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.875 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.02→2.076 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|