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万見
- PDB-2gsk: Structure of the BtuB:TonB Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gsk
タイトルStructure of the BtuB:TonB Complex
要素
  • Vitamin B12 transporter btuB
  • protein TONB
キーワードSIGNALING PROTEIN/MEMBRANE PROTEIN / OUTER-MEMBRANE ACTIVE TRANSPORT / BETA-BARREL (Βバレル) / TONB / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / SIGNALING PROTEIN-MEMBRANE PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor-mediated bacteriophage irreversible attachment to host cell / colicin transport / ABC-type vitamin B12 transporter activity / energy transducer activity / cell envelope / cobalamin transport / siderophore transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / siderophore uptake transmembrane transporter activity / plasma membrane protein complex ...receptor-mediated bacteriophage irreversible attachment to host cell / colicin transport / ABC-type vitamin B12 transporter activity / energy transducer activity / cell envelope / cobalamin transport / siderophore transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / siderophore uptake transmembrane transporter activity / plasma membrane protein complex / porin activity / transmembrane transporter complex / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / transmembrane transport / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / intracellular iron ion homeostasis / protein domain specific binding / calcium ion binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
TolA/TonB C-terminal domain / TonB / : / TonB polyproline region / TonB-dependent vitamin B12 transporter BtuB / TonB C-terminal domain profile. / Gram-negative bacterial TonB protein / TonB, C-terminal / Gram-negative bacterial TonB protein C-terminal / TonB/TolA, C-terminal ...TolA/TonB C-terminal domain / TonB / : / TonB polyproline region / TonB-dependent vitamin B12 transporter BtuB / TonB C-terminal domain profile. / Gram-negative bacterial TonB protein / TonB, C-terminal / Gram-negative bacterial TonB protein C-terminal / TonB/TolA, C-terminal / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Maltoporin; Chain A / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain / Beta Complex / Βバレル / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
シアノコバラミン / ヘキサン / オクタン / Protein TonB / Vitamin B12 transporter BtuB / Protein TonB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Shultis, D.D. / Purdy, M.P. / Banchs, C.N. / Wiener, M.C.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: Outer membrane active transport: structure of the BtuB:TonB complex
著者: Shultis, D.D. / Purdy, M.D. / Banchs, C.N. / Wiener, M.C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Crystallization and preliminary x-ray crystallographic analysis of the Escherichia coli outer membrane cobalamin transporter BtuB in complex with the carboxy-terminal domain of TonB
著者: Shultis, D.D. / Purdy, M.D. / Banchs, C.N. / Wiener, M.C.
履歴
登録2006年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_refine_tls
Item: _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z
改定 2.02021年8月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin B12 transporter btuB
B: protein TONB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,07214
ポリマ－75,2022
非ポリマー2,86912
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area30360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.340, 82.439, 122.632
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A 1:1 COMPLEX OF BTUB AND TONB, WITH THE PHYSIOLOGICAL INTERFACE BETWEEN BTUB RESIDUES 6-12 AND TONB RESIDUES 158-171 AND 225-232.

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Vitamin B12 transporter btuB / BTUB / Cobalamin receptor / Outer membrane cobalamin translocator


分子量: 65954.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: btuB, bfe, cer, dcrC / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P06129
#2: タンパク質 protein TONB


分子量: 9247.701 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tonB, exbA / プラスミド: PGEX4T1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P94739, UniProt: P02929*PLUS

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非ポリマー , 6種, 286分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CNC / CYANOCOBALAMIN / シアノコバラミン


分子量: 1356.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C63H89CoN14O14P
#5: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド / Lauryldimethylamine oxide


分子量: 229.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#7: 化合物 ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 %
結晶化温度: 288 K / pH: 5.1
詳細: 30% (v/v) PEG 300, 0.1M sodium acetate , pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K, pH 5.10

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月9日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.098→40 Å / Num. obs: 44005 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SERGUIデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NQH

1nqh


解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 9.588 / SU ML: 0.14 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1191 2.7 %RANDOM
Rwork0.196 ---
all0.197 43953 --
obs0.197 43953 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å20 Å20 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5194 0 190 274 5658
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0215512
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2231.9667501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0438853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4545669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.59423.837258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.81315779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6071533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2788
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021176
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2879
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2150.23726
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.22517
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0980.23154
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.2295
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.140.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1380.29
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2570.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2720.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0730.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2811.53376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3771.51389
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9725286
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.24932493
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4944.52215
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 68 -
Rwork0.205 2764 -
obs--87.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6156-0.03550.04050.59070.01870.31520.00690.07840.00080.02630.0212-0.0335-0.00080.0025-0.02810.0246-0.00070.0098-0.05490.0095-0.133133.2293.466-13.083
20.73820.1594-0.25510.38820.18590.89380.0220.03840.07130.1040.0102-0.01-0.0202-0.0261-0.03220.07250.0074-0.0024-0.07090.0099-0.057531.5213.289-7.21
33.7135-1.94732.42943.0905-1.40094.4412-0.0885-0.00910.09830.19360.0748-0.45580.04110.35850.01370.04160.0099-0.0209-0.0325-0.011-0.067428.369-6.617.799
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA134 - 594130 - 590
2X-RAY DIFFRACTION2AA5 - 1331 - 129
3X-RAY DIFFRACTION3BB153 - 2331 - 81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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