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- PDB-2gox: Crystal structure of Efb-C / C3d Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gox
タイトルCrystal structure of Efb-C / C3d Complex
要素
  • Complement C3Complement component 3
  • Fibrinogen-binding protein
キーワードCELL ADHESION/TOXIN / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / CELL ADHESION-TOXIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / complement binding / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of lipid storage ...oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / complement binding / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of phagocytosis, engulfment / complement receptor mediated signaling pathway / Activation of C3 and C5 / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of glucose transmembrane transport / 補体依存性細胞傷害 / complement activation, alternative pathway / 補体 / neuron remodeling / endopeptidase inhibitor activity / amyloid-beta clearance / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Peptide ligand-binding receptors / complement activation, classical pathway / fatty acid metabolic process / Regulation of Complement cascade / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of angiogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / blood microparticle / 炎症 / 免疫応答 / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / 小胞体 / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / シグナル伝達 / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Extracellular fibrinogen binding protein, C-terminal / Efb, C-terminal domain superfamily / Extracellular fibrinogen binding protein C terminal / Sbi, C3 binding domain IV / Sbi, C3 binding domain IV / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Complement C3-like, NTR domain ...Extracellular fibrinogen binding protein, C-terminal / Efb, C-terminal domain superfamily / Extracellular fibrinogen binding protein C terminal / Sbi, C3 binding domain IV / Sbi, C3 binding domain IV / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Complement C3-like, NTR domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Glycosyltransferase - #20 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Α2-マクログロブリン / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Α2-マクログロブリン / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / グリコシルトランスフェラーゼ / Alpha/alpha barrel / Arc Repressor Mutant, subunit A / Immunoglobulin-like fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C3 / Fibrinogen-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hammel, M. / Geisbrecht, B.V.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2007
タイトル: A structural basis for complement inhibition by Staphylococcus aureus.
著者: Hammel, M. / Sfyroera, G. / Ricklin, D. / Magotti, P. / Lambris, J.D. / Geisbrecht, B.V.
履歴
登録2006年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年9月12日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C3
B: Fibrinogen-binding protein
C: Complement C3
D: Fibrinogen-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,4744
ポリマ－81,4744
非ポリマー00
水5,711317
1
A: Complement C3
B: Fibrinogen-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7372
ポリマ－40,7372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Complement C3
D: Fibrinogen-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7372
ポリマ－40,7372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.939, 90.939, 122.242
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
詳細The biological assembly is a dimer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Complement C3 / Complement component 3


分子量: 33143.879 Da / 分子数: 2 / 断片: Fragment of alpha chain: Residues 996-1287 / 変異: C1010A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C3 / プラスミド: pT7- / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01024
#2: タンパク質 Fibrinogen-binding protein


分子量: 7592.901 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain: Residues 101-165 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus黄色ブドウ球菌 / 株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: efb / プラスミド: pT7HMT / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P68799
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 60% Tacsimate pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月21日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 50259 / Num. obs: 49761 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.092 / Χ2: 0.959 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4664 / Χ2: 0.753 / % possible all: 92.4

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.4 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.646
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å45.47 Å
Translation3 Å45.47 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1C3D

1c3d


解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 11.43 / SU ML: 0.146 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 2519 5.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.184 ---
obs-49718 98.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.528 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.97 Å20 Å20 Å2
2---0.97 Å20 Å2
3---1.93 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.298 Å / Luzzati d res low obs: 2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5674 0 0 317 5991
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0225780
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8771.9597825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4775720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.30425.058259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.533151027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5841527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2886
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024323
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.23165
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.24056
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2680.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0950.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1641.53733
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.86725771
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.97832385
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.374.52054
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 152 -
Rwork0.235 3180 -
obs-3332 89.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.45440.32370.05791.1803-0.33520.41270.0714-0.0692-0.0063-0.0138-0.0801-0.0786-0.0405-0.05020.0087-0.0101-0.02380.0046-0.06720.01630.00320.192-40.3390.407
21.28290.3198-0.35610.46390.05290.3788-0.0686-0.0163-0.079-0.06890.0663-0.0085-0.0547-0.04270.0023-0.0663-0.02440.0174-0.00950.0055-0.0017-5.112-65.64813.329
38.28041.85020.66571.03560.45281.27150.3709-0.56310.06320.4694-0.3266-0.511-0.1512-0.2083-0.04430.1234-0.1891-0.1484-0.04120.0183-0.029730.379-37.53924.196
41.49841.57361.14776.37360.85231.4692-0.22460.423-0.5442-0.50340.31710.023-0.235-0.1426-0.0925-0.0175-0.16680.02940.1045-0.1349-0.0398-7.928-75.672-10.379
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA991 - 12871 - 297
22CC991 - 12871 - 297
33BB101 - 1651 - 65
44DD101 - 1651 - 65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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