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- PDB-2gm7: TenA Homolog/Thi-4 Thiaminase from Pyrobaculum Aerophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gm7
タイトルTenA Homolog/Thi-4 Thiaminase from Pyrobaculum Aerophilum
要素tenA homolog/Thi-4 Thiaminase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / THIAMINASE (チアミナーゼ) / TRANSCRIPTION (転写 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


thiaminase activity / thiamine metabolic process / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Thiaminase II / Thiaminase-2/PQQC / TENA/THI-4/PQQC family / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Conserved protein (TenA homolog)
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum aerophilum (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sawaya, M.R. / Chan, S. / Han, G.W. / Perry, L.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Ten A Homolog/Thi-4 Thiaminase from Pyrobaculum Aerophilum
著者: Sawaya, M.R. / Chan, S. / Han, G.W. / Perry, L.J. / Yeates, T.O.
履歴
登録2006年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tenA homolog/Thi-4 Thiaminase
B: tenA homolog/Thi-4 Thiaminase
C: tenA homolog/Thi-4 Thiaminase
D: tenA homolog/Thi-4 Thiaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,1909
ポリマ－100,9394
非ポリマー1,2505
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9390 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area31710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.757, 134.926, 144.029
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-601-

PO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13A
23B
14C
24D
15A
25B
16C
26D
17A
27B
18C
28D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALASPASPAA2 - 4311 - 52
21VALVALASPASPBB2 - 4311 - 52
12VALVALASPASPCC2 - 4311 - 52
22VALVALASPASPDD2 - 4311 - 52
13LEULEUMETMETAA47 - 6756 - 76
23LEULEUMETMETBB47 - 6756 - 76
14LEULEUMETMETCC47 - 6756 - 76
24LEULEUMETMETDD47 - 6756 - 76
15LYSLYSTYRTYRAA90 - 11199 - 120
25LYSLYSTYRTYRBB90 - 11199 - 120
16LYSLYSTYRTYRCC90 - 11199 - 120
26LYSLYSTYRTYRDD90 - 11199 - 120
17ALAALATYRTYRAA113 - 169122 - 178
27ALAALATYRTYRBB113 - 169122 - 178
18ALAALATYRTYRCC113 - 169122 - 178
28ALAALATYRTYRDD113 - 169122 - 178

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
詳細The asymmetric unit contains the biological assembly, a tetramer with D2 symmetry.

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要素

#1: タンパク質
tenA homolog/Thi-4 Thiaminase


分子量: 25234.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 株: str. IM2 / 遺伝子: tena/thi4 (pag5_170) / プラスミド: pTrcHis-2-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZZM9, チアミナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル / ポリエチレングリコール


分子量: 354.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 3 microliters of 10 mg/mL TenA in 20 mM Tris pH8, 20 mM NaCl, mixed with 3 microliters reservoir = 16% PEG 2000MME, and 0.1 M sodium phosphate, pH 6.6., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月29日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→90 Å / Num. all: 27783 / Num. obs: 27783 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.586 / Num. unique obs: 2747 / Χ2: 0.921 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UDD

1udd


解像度: 2.8→19.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.868 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.803 / SU B: 31.576 / SU ML: 0.301 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.492 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Data were omitted from refinement which fell outside the bounds of an ellipsoid with vertices of 1/3.4, 1/2.8, and 1/2.8 reciprocal ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Data were omitted from refinement which fell outside the bounds of an ellipsoid with vertices of 1/3.4, 1/2.8, and 1/2.8 reciprocal Angstroms along a, b, and c, respectively.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1152 5.1 %RANDOM
Rwork0.231 ---
all0.234 22752 --
obs0.234 22752 82.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.666 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.42 Å20 Å20 Å2
2---1.53 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6822 0 67 15 6904
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227101
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.024852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1231.9719622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8783.00111710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.265858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.99222.954325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.425151142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4661548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21006
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027905
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021563
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21884
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.24987
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.23444
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.23450
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0050.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2260.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2080.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2260.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.70224416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6821729
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.07336769
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5623231
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.12132852
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A247TIGHT POSITIONAL0.030.05
1A361LOOSE POSITIONAL0.275
1A247TIGHT THERMAL0.050.5
1A361LOOSE THERMAL2.3410
2C247TIGHT POSITIONAL0.030.05
2C361LOOSE POSITIONAL0.425
2C247TIGHT THERMAL0.060.5
2C361LOOSE THERMAL2.810
3A125TIGHT POSITIONAL0.040.05
3A127LOOSE POSITIONAL0.435
3A125TIGHT THERMAL0.060.5
3A127LOOSE THERMAL2.9510
4C125TIGHT POSITIONAL0.030.05
4C127LOOSE POSITIONAL0.165
4C125TIGHT THERMAL0.060.5
4C127LOOSE THERMAL2.7910
5A130TIGHT POSITIONAL0.030.05
5A156LOOSE POSITIONAL0.35
5A130TIGHT THERMAL0.060.5
5A156LOOSE THERMAL3.210
6C130TIGHT POSITIONAL0.020.05
6C156LOOSE POSITIONAL0.325
6C130TIGHT THERMAL0.080.5
6C156LOOSE THERMAL2.7810
7A340TIGHT POSITIONAL0.030.05
7A459LOOSE POSITIONAL0.215
7A340TIGHT THERMAL0.060.5
7A459LOOSE THERMAL2.2310
8C342TIGHT POSITIONAL0.030.05
8C463LOOSE POSITIONAL0.335
8C342TIGHT THERMAL0.070.5
8C463LOOSE THERMAL2.610
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 19 -
Rwork0.312 435 -
obs-454 22.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.32310.17160.38312.7473-0.07241.3426-0.25670.42850.0624-0.0330.2507-0.5748-0.25410.50680.00610.2027-0.2553-0.11280.288-0.0610.179246.455245.268325.2516
21.6519-0.34321.18493.1212-0.69815.37340.0585-0.1266-0.03090.18230.1444-0.158-0.28420.0656-0.2029-0.0242-0.0753-0.0792-0.0904-0.1146-0.057735.227515.624142.9073
31.8758-0.10480.36212.7685-1.65183.2494-0.0693-0.0220.10560.41070.11650.2067-0.5905-0.1588-0.04720.0737-0.08970.1004-0.1233-0.0122-0.141218.533643.45559.2868
41.89080.6379-0.00812.02740.01461.43770.08960.0934-0.02810.12010.0754-0.2344-0.00110.1769-0.165-0.0988-0.0543-0.0107-0.2171-0.0486-0.234821.32017.313715.2641
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 212 / Label seq-ID: 10 - 221

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB
33CC
44DD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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