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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gje | ||||||
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タイトル | Structure of a guideRNA-binding protein complex bound to a gRNA | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLATION/RNA / guide RNA / kRNA editing / RNA binding protein (RNA結合タンパク質) / TRANSLATION-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNAエディティング / mRNA modification / キネトプラスト / nuclear lumen / post-transcriptional regulation of gene expression / mRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ミトコンドリア / DNA binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.37 Å | ||||||
データ登録者 | Schumacher, M.A. / Karamooz, E. / Zikova, A. / Trantirek, L. / Lukes, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006 タイトル: Crystal Structures of T. brucei MRP1/MRP2 Guide-RNA Binding Complex Reveal RNA Matchmaking Mechanism. 著者: Schumacher, M.A. / Karamooz, E. / Zikova, A. / Trantirek, L. / Lukes, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gje.cif.gz | 81.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gje.ent.gz | 64.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gje.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/2gje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/2gje | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | MRP1/MRP2 form a heterotetramer with pseudo C4 symmetry ++ RNA single strand |
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 12534.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 1586.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 22055.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 株: TREU927 / 遺伝子: mrp1 / プラスミド: petduet-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q952G2 |
#4: タンパク質 | 分子量: 21333.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 株: TREU927 / 遺伝子: mrp2 / プラスミド: petduet-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P90629 |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: peg 4000, hepes, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.989 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月20日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.989 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.37→81.6 Å / Num. all: 8830 / Num. obs: 8126 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 3.37→3.45 Å / % possible all: 70 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.37→69.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 6089525.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.7629 Å2 / ksol: 0.274147 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 82.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.37→69.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.37→3.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.05 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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