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万見
- PDB-2gbw: Crystal Structure of Biphenyl 2,3-Dioxygenase from Sphingomonas y... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gbw
タイトルCrystal Structure of Biphenyl 2,3-Dioxygenase from Sphingomonas yanoikuyae B1
要素(Biphenyl 2,3-Dioxygenase ...ビフェニル-2,3-ジオキシゲナーゼ) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / RIESKE OXYGENASE / NON HEME IRON / DIOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


3-phenylpropionate catabolic process / : / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 ...Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / OXYGEN MOLECULE / Biphenyl/naphthalene dioxygenase alpha subunit / Biphenyl/naphthalene dioxygenase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingobium yanoikuyae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ferraro, D.J. / Brown, E.N. / Yu, C. / Parales, R.E. / Gibson, D.T. / Ramaswamy, S.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural investigations of the ferredoxin and terminal oxygenase components of the biphenyl 2,3-dioxygenase from Sphingobium yanoikuyae B1.
著者: Ferraro, D.J. / Brown, E.N. / Yu, C.L. / Parales, R.E. / Gibson, D.T. / Ramaswamy, S.
履歴
登録2006年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE According to authors, there is no aminoacid sequence database reference available for the protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biphenyl 2,3-Dioxygenase Alpha Subunit
B: Biphenyl 2,3-Dioxygenase Beta Subunit
C: Biphenyl 2,3-Dioxygenase Alpha Subunit
D: Biphenyl 2,3-Dioxygenase Beta Subunit
E: Biphenyl 2,3-Dioxygenase Alpha Subunit
F: Biphenyl 2,3-Dioxygenase Beta Subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,26115
ポリマ－215,4706
非ポリマー7919
水35,6341978
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28570 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area60280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.958, 134.958, 219.887
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-628-

HOH

21E-795-

HOH

詳細The alpha-3 beta-3 assembly is the biological assembly, and is fully contained in the assymetric unit.

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要素

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Biphenyl 2,3-Dioxygenase ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Biphenyl 2,3-Dioxygenase Alpha Subunit


分子量: 51036.898 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobium yanoikuyae (バクテリア)
株: B1 / 遺伝子: bphA1fA2f / プラスミド: pET101D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A2TC87
#2: タンパク質 Biphenyl 2,3-Dioxygenase Beta Subunit


分子量: 20786.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobium yanoikuyae (バクテリア)
株: B1 / 遺伝子: bphA1fA2f / プラスミド: pET101D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A2TC88

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非ポリマー , 4種, 1987分子

#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#5: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド / 酸素


分子量: 31.999 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1978 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 20% PEG3350, 1.0 M Sodium Chloride, 0.037M Zinc Chloride, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月24日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled Si(111) double-crystal system
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.8 Å / Num. all: 253570 / Num. obs: 241600 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.48 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 98.1

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.498 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.402 / Cor.coef. Io to Ic: 0.375
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å15 Å
Translation3 Å15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.1Lデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
JDirectorデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NDO

1ndo


解像度: 1.7→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.463 / SU ML: 0.076 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2283 12180 5 %RANDOM
Rwork0.1881 ---
obs0.19012 229247 95.22 %-
all-253570 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.962 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14987 0 21 1978 16986
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02115476
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6291.92820990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.968325545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.84551868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.18123.2825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.986152468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.32215135
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.22134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023508
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.23126
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2110.211542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.27412
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.28116
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.21425
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0410.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2370.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2310.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2220.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3121.511851
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2931.53793
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.527214831
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.54437512
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4764.56143
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.699→1.743 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 908 -
Rwork0.241 17213 -
obs--97.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.62060.0138-0.15140.71780.17490.410.0025-0.0763-0.02560.0419-0.0262-0.06510.02070.09740.0237-0.1563-0.0051-0.0026-0.15930.0009-0.2487-45.75721.5968.619
20.1916-0.209-0.10890.72690.25620.7258-0.0288-0.17310.01870.25020.03120.02960.12220.1154-0.0024-0.0699-0.02330.0279-0.0351-0.0148-0.2508-51.21135.48337.214
30.4204-0.0708-0.00540.58890.01740.22630.0396-0.00860.0941-0.1222-0.03680.0356-0.1032-0.0195-0.00280.0611-0.00830.0014-0.005-0.0293-0.0332-55.45869.5433.804
40.17980.0118-0.1670.49130.11660.68380.0244-0.13560.07660.0987-0.03130.0717-0.05730.02150.00690.0304-0.03940.02880.0931-0.0697-0.0462-60.52161.96934.793
50.374-0.0547-0.00090.99320.0150.21590.03390.0326-0.0592-0.0886-0.07830.42530.0361-0.05440.0444-0.05310.0005-0.0440.0061-0.09680.1437-92.67137.6238.726
60.616-0.0354-0.14940.40340.22350.58990.0015-0.1574-0.02990.1448-0.05780.17020.082-0.02250.05630.0362-0.05680.09250.0671-0.0622-0.0187-78.85640.93437.834
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 454
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3C6 - 451
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 174
5X-RAY DIFFRACTION5E6 - 454
6X-RAY DIFFRACTION6F5 - 174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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