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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gah | ||||||
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タイトル | Heterotetrameric sarcosine: structure of a diflavin metaloenzyme at 1.85 a resolution | ||||||
要素 | (heterotetrameric sarcosine oxidase ...) x 4 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Sarcosine oxidase (サルコシンオキシダーゼ) / Flavoenzyme (フラボタンパク質) / Electron transfer (電子移動反応) / Folate-methylating enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sarcosine oxidase (5,10-methylenetetrahydrofolate-forming) / sarcosine catabolic process / sarcosine oxidase activity / tetrahydrofolate metabolic process / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / nucleotide binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, Z.W. / Hassan-Abdulah, A. / Zhao, G. / Jorns, M.S. / Mathews, F.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Heterotetrameric sarcosine oxidase: structure of a diflavin metalloenzyme at 1.85 a resolution. 著者: Chen, Z.W. / Hassan-Abdulah, A. / Zhao, G. / Jorns, M.S. / Mathews, F.S. #1: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 2005 タイトル: Cloning, expression and crystallization of heterotetrameric sarcosine oxidase from Pseudomonas maltophilia | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gah.cif.gz | 363.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gah.ent.gz | 298.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gah.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/2gah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/2gah | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a heterotetramer. |
-要素
-Heterotetrameric sarcosine oxidase ... , 4種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 104015.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア) 遺伝子: soxA / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q3ZDQ8 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 44492.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア) 遺伝子: soxB / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q3ZDR0 |
#3: タンパク質 | 分子量: 22375.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア) 遺伝子: soxG / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q3ZDQ7 |
#4: タンパク質 | 分子量: 11489.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア) 遺伝子: soxD / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q3ZDQ9 |
-非ポリマー , 6種, 1709分子
#5: 化合物 | ChemComp-NAD / |
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#6: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#7: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#8: 化合物 | ChemComp-FOA / |
#9: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#10: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 18% PEG 20000, 0.1M Tris, 0.04M sodium fuorate and 0.1M sodium chloride., pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2004年11月3日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. all: 115281 / Num. obs: 103177 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 9956 / % possible all: 87 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→20.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 290210.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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