PDB-2ga0: Variable Small Protein 1 of Borrelia turicatae (VspA or Vsp1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ga0

タイトル

Variable Small Protein 1 of Borrelia turicatae (VspA or Vsp1)

要素

surface protein VspA

表面

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

helical bundle (ヘリックスバンドル) / Ni(II) binding sites

機能・相同性

機能・相同性情報

cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Borrelia turicatae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Lawson, C.L. / Yung, B.H. / Barbour, A.G. / Zuckert, W.R.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of neurotropism-associated variable surface protein 1 (Vsp1) of Borrelia turicatae.
著者: Lawson, C.L. / Yung, B.H. / Barbour, A.G. / Zuckert, W.R.

履歴

登録	2006年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ga0.cif.gz	236 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ga0.ent.gz	191.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ga0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/2ga0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/2ga0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yjgSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ggq-1 3iee-d 2w2b-d 1p69-d 4lmo-1 5c4v-2 6e31-d 5v0r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: surface protein VspA

B: surface protein VspA

C: surface protein VspA

D: surface protein VspA

E: surface protein VspA

F: surface protein VspA

G: surface protein VspA

H: surface protein VspA

ヘテロ分子

149 kDa, 8 ポリマー
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1

A: surface protein VspA

B: surface protein VspA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: surface protein VspA

D: surface protein VspA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.2 kDa, 2 ポリマー
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3

E: surface protein VspA

F: surface protein VspA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.2 kDa, 2 ポリマー
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4

G: surface protein VspA

H: surface protein VspA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	241.835, 69.105, 87.578
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.95, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	LEU	LEU	A	A	41 - 201	8 - 168
2	1	LEU	LEU	LEU	LEU	B	B	41 - 201	8 - 168
3	1	LEU	LEU	LEU	LEU	C	C	41 - 201	8 - 168
4	1	LEU	LEU	LEU	LEU	D	D	41 - 201	8 - 168
5	1	LEU	LEU	LEU	LEU	E	E	41 - 201	8 - 168
6	1	LEU	LEU	LEU	LEU	F	F	41 - 201	8 - 168
7	1	LEU	LEU	LEU	LEU	G	G	41 - 201	8 - 168
8	1	LEU	LEU	LEU	LEU	H	H	41 - 201	8 - 168
1	2	VAL	VAL	THR	THR	A	A	38 - 43	5 - 10
2	2	VAL	VAL	THR	THR	C	C	38 - 43	5 - 10
3	2	VAL	VAL	THR	THR	E	E	38 - 43	5 - 10
4	2	VAL	VAL	THR	THR	G	G	38 - 43	5 - 10
1	3	VAL	VAL	THR	THR	B	B	38 - 43	5 - 10
2	3	VAL	VAL	THR	THR	D	D	38 - 43	5 - 10
3	3	VAL	VAL	THR	THR	F	F	38 - 43	5 - 10
4	3	VAL	VAL	THR	THR	H	H	38 - 43	5 - 10

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	surface protein VspA / 表面 / Variable Surface Protein 1 分子量: 18500.959 Da / 分子数: 8 / 断片: residues 34-214 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Borrelia turicatae (バクテリア) / 遺伝子: Vsp1, VspA / プラスミド: pET29b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O34000
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル分子量: 58.693 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 28% (w/v) polyethylene glycol (PEG), 80 mM Tris HCl, 15% (v/v) glycerol, 100 mM NiCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月12日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 38032 / Num. obs: 38032 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.042 / Χ²: 0.472 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / % possible obs: 92 % / R_merge(I) obs: 0.147 / Num. unique obs: 3523 / Χ²: 0.279 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YJG

1yjg

解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 14.486 / SU ML: 0.294 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.389 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.272	1902	5 %	RANDOM
R_work	0.216	-	-	-
all	0.219	38031	-	-
obs	0.219	38031	98.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.313 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.04 Å²	0 Å²	-0.92 Å²
2-	-	1.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9456	0	14	136	9606

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	9502
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.544	1.985	12784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.121	5	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	5372
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	366
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.245	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.383	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.263	1.5	6480
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.589	2	10360
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.429	3	3022
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.486	4.5	2424

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	644	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
1	2	B	644	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
1	3	C	644	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
1	4	D	644	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
1	5	E	644	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
1	6	F	644	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
1	7	G	644	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
1	8	H	644	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
1	1	A	515	MEDIUM POSITIONAL	0.51	0.5
1	2	B	515	MEDIUM POSITIONAL	0.64	0.5
1	3	C	515	MEDIUM POSITIONAL	0.55	0.5
1	4	D	515	MEDIUM POSITIONAL	0.53	0.5
1	5	E	515	MEDIUM POSITIONAL	0.53	0.5
1	6	F	515	MEDIUM POSITIONAL	0.61	0.5
1	7	G	515	MEDIUM POSITIONAL	0.61	0.5
1	8	H	515	MEDIUM POSITIONAL	0.59	0.5
1	1	A	644	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
1	2	B	644	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
1	3	C	644	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
1	4	D	644	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
1	5	E	644	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
1	6	F	644	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
1	7	G	644	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
1	8	H	644	TIGHT THERMAL	0.09	0.5
1	1	A	515	MEDIUM THERMAL	1.05	2
1	2	B	515	MEDIUM THERMAL	0.84	2
1	3	C	515	MEDIUM THERMAL	0.81	2
1	4	D	515	MEDIUM THERMAL	0.93	2
1	5	E	515	MEDIUM THERMAL	0.86	2
1	6	F	515	MEDIUM THERMAL	0.84	2
1	7	G	515	MEDIUM THERMAL	0.83	2
1	8	H	515	MEDIUM THERMAL	0.72	2
2	1	A	24	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	2	C	24	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	3	E	24	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	4	G	24	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	1	A	19	MEDIUM POSITIONAL	0.62	0.5
2	2	C	19	MEDIUM POSITIONAL	0.4	0.5
2	3	E	19	MEDIUM POSITIONAL	0.49	0.5
2	4	G	19	MEDIUM POSITIONAL	0.49	0.5
2	1	A	24	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
2	2	C	24	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
2	3	E	24	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
2	4	G	24	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
2	1	A	19	MEDIUM THERMAL	0.45	2
2	2	C	19	MEDIUM THERMAL	0.52	2
2	3	E	19	MEDIUM THERMAL	0.39	2
2	4	G	19	MEDIUM THERMAL	0.48	2
3	1	B	24	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
3	2	D	24	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
3	3	F	24	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
3	4	H	24	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
3	1	B	19	MEDIUM POSITIONAL	0.6	0.5
3	2	D	19	MEDIUM POSITIONAL	0.67	0.5
3	3	F	19	MEDIUM POSITIONAL	0.44	0.5
3	4	H	19	MEDIUM POSITIONAL	0.53	0.5
3	1	B	24	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
3	2	D	24	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
3	3	F	24	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
3	4	H	24	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
3	1	B	19	MEDIUM THERMAL	0.55	2
3	2	D	19	MEDIUM THERMAL	0.47	2
3	3	F	19	MEDIUM THERMAL	0.3	2
3	4	H	19	MEDIUM THERMAL	0.28	2

LS精密化シェル

解像度: 2.705→2.775 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.353	119
R_work	0.286	2418
obs	-	2537

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7673	-1.5431	-1.0291	2.1532	1.0053	2.5722	-0.0122	-0.0933	-0.2613	0.1019	0.0173	0.2995	-0.1418	-0.2179	-0.005	0.0655	0.0226	0.0038	0.105	-0.0223	0.0781	-32.18	-36.6191	15.7153
2	3.3719	-1.0405	-0.8896	2.8619	0.2388	2.2592	0.2832	0.5565	0.3159	-0.3487	-0.2454	-0.0283	-0.4154	-0.2781	-0.0379	0.1184	0.1262	0.0129	0.2459	-0.0115	0.1237	-25.3213	-30.0902	1.889
3	5.3765	0.1881	-0.1048	3.9931	0.802	3.1211	0.0037	-0.3351	-0.5127	0.2539	0.0137	0.0506	0.7174	0.0721	-0.0174	0.2889	0.0199	0.034	0.0607	0.0068	0.1556	-31.3201	-70.8433	14.0947
4	4.2393	-0.0581	-0.3978	5.0192	0.3243	2.6802	-0.3409	0.4223	-0.2542	-0.3558	0.4547	-0.2997	0.3372	0.1853	-0.1138	0.1063	0.0057	0.0381	0.1675	-0.1206	0.1299	-23.3445	-63.6791	1.25
5	3.6532	-0.2361	1.6628	1.9721	0.261	4.7117	-0.1335	0.2543	0.3511	-0.0858	0.0089	0.0442	-0.8474	-0.1605	0.1245	0.3504	0.1751	0.0368	0.0963	0.0187	0.1231	-15.7687	-23.8539	-40.3894
6	3.1516	0.4177	0.9865	3.1386	-0.0006	4.0324	0.0313	-0.2615	0.1281	0.2127	-0.0044	0.1196	-0.5357	-0.5313	-0.0268	0.1691	0.1388	0.0045	0.1734	-0.0507	0.0499	-15.3944	-30.8063	-25.194
7	4.2216	3.3461	3.0535	5.7447	3.9604	4.9376	-0.0373	0.1361	-0.1474	-0.4058	0.0506	-0.17	-0.042	-0.0792	-0.0133	0.1515	-0.0214	0.0699	0.126	-0.0347	0.165	-39.1189	-58.0306	42.3827
8	3.2323	2.833	1.2944	5.8519	2.0371	3.4945	0.789	-0.4532	-0.6162	1.0068	-0.5615	-0.4268	0.7819	-0.69	-0.2275	0.3809	-0.2441	-0.113	0.3441	0.0458	0.2482	-40.5997	-64.322	57.8956

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 38 - 201 / Label seq-ID: 5 - 168

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B
3	3	C	C
4	4	D	D
5	5	E	E
6	6	F	F
7	7	G	G
8	8	H	H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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