PDB-2g7i: Structure of Human Complement Factor H Carboxyl Terminal Domains ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g7i

タイトル

Structure of Human Complement Factor H Carboxyl Terminal Domains 19-20: a Basis for Atypical Hemolytic Uremic Syndrome

要素

Complement factor H

Factor H

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Sushi (CCP/SCR) domain / Complement / Regulator /

Factor H / Beta-1H Globulin /

Atypical Hemolytic Uremic Syndrome /

Heparin Binding (ヘパリン)

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of complement activation, alternative pathway / symbiont cell surface / complement component C3b binding /

regulation of complement-dependent cytotoxicity /

regulation of complement activation /

heparan sulfate proteoglycan binding / serine-type endopeptidase complex /

complement activation, alternative pathway /

補体 /

Regulation of Complement cascade ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Jaakola, V.-P. / Jokiranta, T.S. / Goldman, A.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Structure of complement factor H carboxyl-terminus reveals molecular basis of atypical haemolytic uremic syndrome.
著者: Jokiranta, T.S. / Jaakola, V.-P. / Lehtinen, M.J. / Parepalo, M. / Meri, S. / Goldman, A.

履歴

登録	2006年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g7i.cif.gz	38.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g7i.ent.gz	29.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g7i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/2g7i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/2g7i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3kxv-1 3kzj-1 5f7c-4 4yc1-d 3m2p-2 4ihd-2 3m2p-3 3kpd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (5) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Complement factor H

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Complement factor H

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	7_545	y+1/2,x-1/2,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	10_655	-x+1,-y,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y+1/2,-x+1/2,-z+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.410, 91.410, 110.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

詳細

Crystal packing of FH19-20 in the asymmetric unit reveals tightly packed tetrameric assembly of domains of FH19-20; may have biological relevance

#1: タンパク質	Complement factor H / Factor H / H factor 1 分子量: 14297.312 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal Domains 19-20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFH, HF, HF1 / プラスミド: pPICZ B expression vector / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P08603
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Before crystallization the protein was concentrated to 10 mg/ml and dialysed into 20 mM Tris, 50 mM NaCl, pH 7.0. The protein was crystallized in sitting drops by mixing 1 ul of protein ...詳細: Before crystallization the protein was concentrated to 10 mg/ml and dialysed into 20 mM Tris, 50 mM NaCl, pH 7.0. The protein was crystallized in sitting drops by mixing 1 ul of protein solution at 10 mg/ml with 1 ul of reservoir solution of 2.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

結晶

マシュー密度: 4.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.61 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Before crystallization the protein was concentrated to 10 mg/ml and dialysed into 20 mM Tris, 50 mM NaCl, pH 7.0. The protein was crystallized in sitting drops by mixing 1 ul of protein ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID14-1		1	0.934
回転陽極			RIGAKU RU300	2	1.54

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARRESEARCH	1	CCD	2003年10月14日
RIGAKU RAXIS IV	2	IMAGE PLATE	2003年10月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.934	1
2	1.54	1

反射

解像度: 1.75→14.78 Å / Num. all: 22700 / Num. obs: 22700 / % possible obs: 99.93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / R_sym value: 0.059

反射シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / R_sym value: 0.441 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→14.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 1.631 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22479	1239	5.2 %	RANDOM
R_work	0.20641	-	-	-
all	0.20735	22700	-	-
obs	0.20735	22700	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.593 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→14.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	976	0	0	177	1153

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	872
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.645	1.963	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.895	3	2038
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.6	5	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.646	24.146	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.179	15	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.057	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	200
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	202
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	827
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	477
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	562
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.254	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.322	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.32	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.453	1.5	671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.319	1.5	248
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.08	2	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.508	3	435
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.865	4.5	352

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	87	-
R_work	0.279	1642	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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