PDB-2g5l: Streptavidin in complex with Nanotag

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g5l

タイトル

Streptavidin in complex with Nanotag

要素

(FME)(ASP)(VAL)(GLU)(ALA)(TRP)(LEU)
Streptavidinストレプトアビジン

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN /

streptavidin (ストレプトアビジン) / binding peptid /

biotin (ビオチン) / nanotag

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Perbandt, M. / Bruns, O. / Vallazza, M. / Lamla, T. / Betzel, C. / Erdmann, V.A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: High resolution structure of Streptavidin in complex with a novel high affinity peptide tag mimicking the biotin binding motif
著者: Perbandt, M. / Bruns, O. / Vallazza, M. / Lamla, T. / Betzel, C. / Erdmann, V.A.

履歴

登録	2006年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g5l.cif.gz	119.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g5l.ent.gz	93 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g5l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/2g5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/2g5l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rsuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1mk5-1 4cpi-2 4bx5-d 6t2l-1 1kl5-d 4cpi-3 1gah-d 3rdx-2 6y87-4 5wbd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

X: (FME)(ASP)(VAL)(GLU)(ALA)(TRP)(LEU)

Y: (FME)(ASP)(VAL)(GLU)(ALA)(TRP)(LEU)

ヘテロ分子

28.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Streptavidin

B: Streptavidin

X: (FME)(ASP)(VAL)(GLU)(ALA)(TRP)(LEU)

Y: (FME)(ASP)(VAL)(GLU)(ALA)(TRP)(LEU)

ヘテロ分子

A: Streptavidin

B: Streptavidin

X: (FME)(ASP)(VAL)(GLU)(ALA)(TRP)(LEU)

Y: (FME)(ASP)(VAL)(GLU)(ALA)(TRP)(LEU)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.3 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.488, 81.563, 85.749
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Streptavidin / ストレプトアビジン分子量: 13281.336 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 13-139 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: タンパク質・ペプチド	(FME)(ASP)(VAL)(GLU)(ALA)(TRP)(LEU) 分子量: 890.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized.
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.45 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13
検出器	日付: 2005年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.15→55 Å / Num. all: 92653 / Num. obs: 92653 / % possible obs: 96.78 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.15→1.18 Å / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1RSU

1rsu

解像度: 1.15→20 Å / σ(F): 0

	R_factor	反射数
R_free	0.172	4812
R_work	0.167	-
all	0.168	92653
obs	0.168	92653

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1807	0	16	327	2150

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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