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万見
- PDB-2fr4: Structure of Fab DNA-1 complexed with a stem-loop DNA ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fr4
タイトルStructure of Fab DNA-1 complexed with a stem-loop DNA ligand
要素
  • 5'-D(*CP*TP*GP*CP*CP*TP*TP*CP*AP*G)-3'
  • antibody heavy chain FAB
  • antibody light chain FAB
キーワードIMMUNE SYSTEM/DNA (免疫系) / ANTIBODY (抗体) / FAB / IMMUNOGLOBULIN (抗体) / ANTI-DNA / ANTI-SSDNA / AUTOANTIBODY (自己抗体) / stem-loop DNA / IMMUNE SYSTEM-DNA COMPLEX (免疫系)
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / : / : / デオキシリボ核酸
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Ou, Z.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Impact of DNA hairpin folding energetics on antibody-ssDNA association.
著者: Ou, Z. / Bottoms, C.A. / Henzl, M.T. / Tanner, J.J.
履歴
登録2006年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN PEG, DI(HYDROXYETHYL)ETHER WAS USED FOR CRYSTALLIZATION. ONLY THE FRAGMENT, PG4 WAS OBSERVED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: 5'-D(*CP*TP*GP*CP*CP*TP*TP*CP*AP*G)-3'
N: 5'-D(*CP*TP*GP*CP*CP*TP*TP*CP*AP*G)-3'
L: antibody light chain FAB
H: antibody heavy chain FAB
A: antibody light chain FAB
B: antibody heavy chain FAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3827
ポリマ－103,1886
非ポリマー1941
水7,206400
1
M: 5'-D(*CP*TP*GP*CP*CP*TP*TP*CP*AP*G)-3'
A: antibody light chain FAB
B: antibody heavy chain FAB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5943
ポリマ－51,5943
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
N: 5'-D(*CP*TP*GP*CP*CP*TP*TP*CP*AP*G)-3'
L: antibody light chain FAB
H: antibody heavy chain FAB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7884
ポリマ－51,5943
非ポリマー1941
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.757, 90.450, 128.116
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is an antigen-binding fragment, which consists of one light chain and one heavy chain. There are two biological assemblies in the asymmetric unit: LH and AB.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*GP*CP*CP*TP*TP*CP*AP*G)-3'


分子量: 2995.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: single-stranded DNA oligonucleotide synthesized by IDT
#2: 抗体 antibody light chain FAB


分子量: 23616.057 Da / 分子数: 2 / Fragment: antigen-binding fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 498315
#3: 抗体 antibody heavy chain FAB


分子量: 24982.039 Da / 分子数: 2 / Fragment: antigen-binding fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 3399661
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Tris-HCL, 12-26% (w/v) PEGMME 2000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Tris-HCLトリスヒドロキシメチルアミノメタン11
2PEGMME 200011
3H2O11
4PEGMME 200012
5H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2003年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 70761 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Χ2: 0.976 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID
1.95-2.0297.13.70.4269750.9451
2.02-2.199.640.3271460.9761
2.1-2.299.74.10.22671590.9391
2.2-2.3199.84.10.17871710.9691
2.31-2.4699.44.10.13671580.9771
2.46-2.6599.24.10.09271660.991
2.65-2.9198.64.10.06271530.991
2.91-3.3397.74.10.04471060.981
3.33-4.295.840.03670300.9911
4.2-5087.74.10.03266970.9971

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1I8M

1i8m


解像度: 1.95→22.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 9.819 / SU ML: 0.143 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 3596 5.1 %RANDOM
Rwork0.207 ---
all0.21 ---
obs0.21 70706 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.402 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.17 Å20 Å20 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3----1.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→22.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6479 396 8 400 7283
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0227106
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5412.0279768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.828313913
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9625847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.89824.435248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.046151029
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5411516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027605
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021295
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.21120
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.25793
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.23311
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.24143
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2415
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2090.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2130.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7641.54512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1771.51723
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.15526891
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.66733346
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2994.52877
LS精密化 シェル解像度: 1.948→1.999 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 265 -
Rwork0.267 4791 -
obs-5056 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.39793.599-0.78995.20462.33636.12780.9941-1.02940.33721.0833-0.4304-0.1469-0.53570.8013-0.56370.2187-0.37970.05480.1336-0.1253-0.091498.735529.030729.4166
24.98843.7132-1.51775.1486-0.5194.01720.2085-0.9954-0.25730.269-0.2136-0.2748-0.17891.03360.0051-0.0215-0.0068-0.01650.15730.0108-0.173674.12413.766751.4058
31.98110.9941-0.02893.15173.25210.9965-0.1740.2662-0.2944-0.38910.0369-0.2775-0.00521.26720.1371-0.23190.0370.08630.1002-0.0173-0.0194111.04845.3807-25.8221
46.73930.67281.12741.50660.5533.1435-0.44770.64730.3244-0.54720.5661-0.0055-0.97640.1463-0.11840.2764-0.19590.16720.0063-0.0735-0.027884.59063.2546-50.5858
52.962.0279-0.80094.54190.48133.72030.0568-0.06440.18150.11430.01390.2769-0.26740.1247-0.0707-0.2652-0.0195-0.0119-0.24170.0143-0.204888.433416.909913.6784
63.01420.4741-0.07272.69780.69756.00250.0061-0.29110.24980.22490.05880.1065-0.47930.0954-0.0649-0.05850.00950.0273-0.20310.0066-0.165463.342718.843440.3296
75.03740.39960.92221.9730.58324.02870.0219-0.0249-0.45130.013-0.19560.00880.26020.05850.1737-0.22170.01860.0471-0.1965-0.0512-0.119294.53364.8975-11.0992
81.4994-0.6617-2.15932.93723.88318.02070.06110.00640.1077-0.41110.2058-0.2271-0.22590.192-0.2669-0.1553-0.04430.0274-0.1406-0.0851-0.13380.5946-9.7663-41.684
93.8436-1.7716-1.58498.50588.05979.99370.2879-1.00570.25890.110.2562-0.7232-0.26581.2911-0.54410.139-0.30850.10180.3544-0.06620.0365108.48622.0767.4165
1014.58731.7201-7.37051.15621.657310.41910.9701-0.9420.67321.1308-0.6809-1.16690.07621.681-0.28920.0611-0.143-0.05630.36980.0387-0.0409112.204514.3478-3.0415
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AE1 - 1081 - 108
22AE109 - 213109 - 213
33LC2 - 1082 - 108
44LC109 - 213109 - 213
55BF1 - 1131 - 120
66BF114 - 213121 - 220
77HD1 - 1131 - 120
88HD114 - 213121 - 220
99MA5 - 141 - 10
1010NB5 - 141 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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