+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2fr4 | ||||||
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Title | Structure of Fab DNA-1 complexed with a stem-loop DNA ligand | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM/DNA / ANTIBODY / FAB / IMMUNOGLOBULIN / ANTI-DNA / ANTI-SSDNA / AUTOANTIBODY / stem-loop DNA / IMMUNE SYSTEM-DNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / : / DNA Function and homology information | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Tanner, J.J. / Ou, Z. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2007 Title: Impact of DNA hairpin folding energetics on antibody-ssDNA association. Authors: Ou, Z. / Bottoms, C.A. / Henzl, M.T. / Tanner, J.J. | ||||||
History |
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Remark 600 | HETEROGEN PEG, DI(HYDROXYETHYL)ETHER WAS USED FOR CRYSTALLIZATION. ONLY THE FRAGMENT, PG4 WAS OBSERVED. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2fr4.cif.gz | 195.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2fr4.ent.gz | 150.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2fr4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/2fr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/2fr4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1i8mS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is an antigen-binding fragment, which consists of one light chain and one heavy chain. There are two biological assemblies in the asymmetric unit: LH and AB. |
-Components
#1: DNA chain | Mass: 2995.967 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Details: single-stranded DNA oligonucleotide synthesized by IDT #2: Antibody | Mass: 23616.057 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: antigen-binding fragment Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: GenBank: 498315 #3: Antibody | Mass: 24982.039 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: antigen-binding fragment Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: GenBank: 3399661 #4: Chemical | ChemComp-PG4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 55.2 % | ||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.1 M Tris-HCL, 12-26% (w/v) PEGMME 2000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9786 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Detector: CCD / Date: Nov 15, 2003 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 70761 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Χ2: 0.976 / Net I/σ(I): 11.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 1I8M Resolution: 1.95→22.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 9.819 / SU ML: 0.143 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.167 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.402 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→22.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.948→1.999 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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