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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fpf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the ib1 sh3 dimer at low resolution | ||||||
要素 | C-jun-amino-terminal kinase interacting protein 1 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / SCAFFOLD PROTEIN 1 (足場) / ISLET-BRAIN-1 / IB-1 / MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 8-INTERACTING PROTEIN 1 / JIP-1 RELATED PROTEIN / JRP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of JUN kinase activity / MAP-kinase scaffold activity / negative regulation of JNK cascade / JUN kinase binding / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / dendritic growth cone / kinesin binding ...dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of JUN kinase activity / MAP-kinase scaffold activity / negative regulation of JNK cascade / JUN kinase binding / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / dendritic growth cone / kinesin binding / regulation of JNK cascade / axonal growth cone / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / vesicle-mediated transport / JNK cascade / ミトコンドリア / positive regulation of JNK cascade / neuron projection / 神経繊維 / neuronal cell body / シナプス / 樹状突起 / endoplasmic reticulum membrane / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / シグナル伝達 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Kristensen, O. / Dar, I. / Gajhede, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2006 タイトル: A unique set of SH3-SH3 interactions controls IB1 homodimerization 著者: Kristensen, O. / Guenat, S. / Dar, I. / Allaman-Pillet, N. / Abderrahmani, A. / Ferdaoussi, M. / Roduit, R. / Maurer, F. / Beckmann, J.S. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M. / Bonny, C. #1: ジャーナル: Science / 年: 1997 タイトル: A cytoplasmic inhibitor of the JNK signal transduction pathway 著者: Dickens, M. / Rogers, J.S. / Cavanagh, J. / Raitano, A. / Xia, Z. / Halpern, J.R. / Greenberg, M.E. / Sawyers, C.L. / Davis, R.J. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998 タイトル: IB1, a JIP-1-related nuclear protein present in insulin-secreting cells 著者: Bonny, C. / Nicod, P. / Waeber, G. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Recruitment of JNK to JIP1 and JNK-dependent JIP1 phosphorylation regulates JNK module dynamics and activation 著者: Nihalani, D. / Wong, H.N. / Holzman, L.B. #4: ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 1999 タイトル: The JIP group of mitogen-activated protein kinase scaffold proteins 著者: Yasuda, J. / Whitmarsh, A.J. / Cavanagh, J. / Sharma, M. / Davis, R.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fpf.cif.gz | 57.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fpf.ent.gz | 43.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fpf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/2fpf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/2fpf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8463.264 Da / 分子数: 4 / 断片: SH3 DOMAIN, RESIDUES -1-60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Mapk8ip1, Ib1, Jip1 / プラスミド: PGEX 4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q9R237 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: SODIUM CITRATE, HEPES, HYDROGEN PEROXIDE, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→30 Å / Num. obs: 8075 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 12.07 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.461 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2FPD 解像度: 3→28.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 230208.16 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.58 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→28.77 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP |