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万見
- PDB-2fjd: adenosine-5-phosphosulfate reductase in complex with sulfite (cov... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fjd
タイトルadenosine-5-phosphosulfate reductase in complex with sulfite (covalent adduct)
要素
  • adenylylsulfate reductase, subunit A
  • adenylylsulfate reductase, subunit B
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / APS reductase / sulfur cycle (硫黄循環)
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / Adenylylsulphate reductase, beta subunit, C-terminal domain / Adenylylsulphate reductase, beta subunit / Adenylylsulphate reductase, alpha subunit / Adenylylsulphate reductase, beta subunit, C-terminal / APS reductase, beta subunit, C-terminal domain superfamily / Adenosine-5'-phosphosulfate reductase beta subunit / 4Fe-4S binding domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain / FAD-dependent oxidoreductase SdhA/FrdA/AprA ...Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / Adenylylsulphate reductase, beta subunit, C-terminal domain / Adenylylsulphate reductase, beta subunit / Adenylylsulphate reductase, alpha subunit / Adenylylsulphate reductase, beta subunit, C-terminal / APS reductase, beta subunit, C-terminal domain superfamily / Adenosine-5'-phosphosulfate reductase beta subunit / 4Fe-4S binding domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain / FAD-dependent oxidoreductase SdhA/FrdA/AprA / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal / Fumarate reductase flavoprotein C-term / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain superfamily / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / 4Fe-4S binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / Other non-globular / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / FAD/NAD(P)-binding domain / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Special / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
鉄・硫黄クラスター / Chem-SFD / Adenylylsulfate reductase, subunit A (AprA) / Adenylylsulfate reductase, subunit B (AprB)
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Schiffer, A. / Fritz, G. / Kroneck, P.M. / Ermler, U.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Reaction mechanism of the iron-sulfur flavoenzyme adenosine-5'-phosphosulfate reductase based on the structural characterization of different enzymatic states
著者: Schiffer, A. / Fritz, G. / Kroneck, P.M. / Ermler, U.
履歴
登録2006年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: adenylylsulfate reductase, subunit A
C: adenylylsulfate reductase, subunit A
B: adenylylsulfate reductase, subunit B
D: adenylylsulfate reductase, subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,77710
ポリマ－180,6354
非ポリマー3,1426
水28,9501607
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28260 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area46800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.600, 113.500, 193.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a heterotetramer present in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 adenylylsulfate reductase, subunit A / aprA


分子量: 73359.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
参照: UniProt: O28603, アデニリル硫酸レダクターゼ
#2: タンパク質 adenylylsulfate reductase, subunit B / aprB


分子量: 16957.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
参照: UniProt: O28604, アデニリル硫酸レダクターゼ
#3: 化合物 ChemComp-SFD / (S)-10-((2S,3S,4R)-5-((S)-((S)-(((2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-TETRAHYDROFURAN-2-YL)METHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYLOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYLOXY)-2,3,4-TRIHYDROXYPENTYL)-7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-2,3,4,4A-TETRAHYDROBENZO[G]PTERIDINE-5(10H)-SULFONIC ACID / N5-SULFONO FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 867.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O18P2S
#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 6 % PEG 4000, 0.1 M NaCl, 0.1 M NaAc pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 130214 / % possible obs: 87.2 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 0.967
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique all% possible allRmerge(I) obsΧ2
1.8-1.8200
1.82-1.8400
1.84-1.86114623.10.5966.902
1.86-1.89336068.80.1531.069
1.89-1.91441989.50.150.835
1.91-1.944420900.1450.773
1.94-1.97447390.50.1320.772
1.97-24477910.1230.772
2-2.03459592.90.1050.721
2.03-2.06466694.70.1010.784
2.06-2.1469195.30.0970.804
2.1-2.13473195.40.0870.717
2.13-2.18473595.80.0860.738
2.18-2.22473096.10.0820.738
2.22-2.274825970.0840.813
2.27-2.32483397.70.0750.764
2.32-2.38483197.80.0710.808
2.38-2.44488798.40.070.84
2.44-2.51492298.90.070.859
2.51-2.6496699.50.0680.944
2.6-2.69493399.50.0660.971
2.69-2.8497099.80.0611.033
2.8-2.92499899.80.061.05
2.92-3.08497799.90.0561.193
3.08-3.2750081000.0511.281
3.27-3.5250261000.0461.206
3.52-3.8850391000.0411.163
3.88-4.4350731000.0391.224
4.43-5.5851451000.0371.197
5.58-30533899.80.0370.927

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.84→30 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.182 6093 4.4 %
Rwork0.157 --
obs-120989 86.8 %
溶媒の処理Bsol: 51.651 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 17.456 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.574 Å20 Å20 Å2
2---5.361 Å20 Å2
3---4.787 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12735 0 146 1607 14488
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2sulfit_addukt.parCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4sulfit_addukt.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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