PDB-2fic: The crystal structure of the BAR domain from human Bin1/Amphiphys...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fic

タイトル

The crystal structure of the BAR domain from human Bin1/Amphiphysin II and its implications for molecular recognition

要素

Myc box-dependent-interacting protein 1

キーワード

ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS /

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) /

BAR domain /

homodimer / coiled-coils /

MEMBRANE PROTEIN COMPLEX (生体膜) / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid tube / negative regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / negative regulation of aspartic-type endopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / lipid tube assembly / RNA polymerase II transcription repressor complex / regulation of cell cycle process / T-tubule organization / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / varicosity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Casal, E. / Federici, L. / Zhang, W. / Fernandez-Recio, J. / Priego, E.M. / Miguel, R.N. / Duhadaway, J.B. / Prendergast, G.C. / Luisi, B.F. / Laue, E.D.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structure of the BAR Domain from Human Bin1/Amphiphysin II and Its Implications for Molecular Recognition
著者: Casal, E. / Federici, L. / Zhang, W. / Fernandez-Recio, J. / Priego, E.M. / Miguel, R.N. / Duhadaway, J.B. / Prendergast, G.C. / Luisi, B.F. / Laue, E.D.

履歴

登録	2005年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2018年10月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entry_details / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.pdbx_db_isoform / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fic.cif.gz	97.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fic.ent.gz	75.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fic.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/2fic ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/2fic	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1i49-d 4tx5-d 3sog-1 5has-2 4i1q-d 3hve-d 257 3caz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (7) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Myc box-dependent-interacting protein 1

B: Myc box-dependent-interacting protein 1

ヘテロ分子

57.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Myc box-dependent-interacting protein 1

ヘテロ分子

B: Myc box-dependent-interacting protein 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
57.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Myc box-dependent-interacting protein 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Myc box-dependent-interacting protein 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.922, 59.086, 75.009
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The physiological dimer is generated by applying the following to chain A: rotation: -0.90244 0.408204 0.137733 0.401865 0.682401 0.610601 0.155261 0.606381 -0.77987 translation: 34.9167, -11.5281, 9.41392

#1: タンパク質	Myc box-dependent-interacting protein 1 / Amphiphysin II / Amphiphysin-like protein / Box-dependent myc-interacting protein 1 / Bridging integrator 1 分子量: 28763.594 Da / 分子数: 2 / 断片: BAR domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIN1, AMPHL / プラスミド: pET14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O00499
#2: 化合物	ChemComp-XE / XENON / キセノン / キセノン分子量: 131.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	Sequence of the protein was based on Isoform IIB of database UNP O00499 (BIN1_HUMAN).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% monomethylether-PEG550, 100mM Tris (pH 8), 100mM NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→27.5 Å / Num. all: 36616 / Num. obs: 36616 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0.019 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.99→2.07 Å / % possible all: 84.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 4.994 / SU ML: 0.138 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27989	3653	10 %	RANDOM
R_work	0.23029	-	-	-
all	0.311	32894	-	-
obs	0.23535	32894	98.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.72 Å²	0 Å²	-0.35 Å²
2-	-	-0.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3206	0	2	192	3400

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	3282
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2885
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.642	1.95	4417
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.957	3	6772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.806	5	390
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.171	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	622
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	792
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.235	0.2	3101
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.322	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.233	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.241	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.205	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.018	1.5	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.879	2	3144
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.947	3	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.729	4.5	1273

LS精密化シェル

解像度: 1.992→2.043 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.341	217
R_work	0.301	2065

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0174	-1.28	4.5917	1.0335	-3.4827	19.7886	-0.1089	0.179	0.1081	0.2574	0.0196	-0.0403	-0.4809	0.4405	0.0893	0.1926	-0.1021	-0.0197	0.2125	0.0266	0.2637	18.0215	4.1108	17.9641
2	-0.1749	-0.2027	0.3528	0.588	-0.1037	6.5984	-0.0677	0.0474	0.0838	0.1653	-0.0309	0.0513	0.2097	-0.2654	0.0986	0.1721	-0.0297	0.0026	0.241	0.0231	0.2789	11.2009	2.3667	22.3844
3	32.6351	-2.4959	16.9537	41.4963	10.2735	109.2888	0.3356	-2.2633	0.0684	2.1274	-0.1552	-0.0943	-0.6614	0.1479	-0.1803	0.2834	-0.0004	-0.0003	0.2825	-0.0001	0.282	21.9452	4.6108	71.9234
4	32.9903	34.7389	2.9333	70.8135	-12.4532	76.1087	0.0901	0.3148	-0.8205	0.1563	0.1574	0.256	-0.3822	-0.1571	-0.2475	0.2818	-0.0006	-0.0005	0.2826	0.0001	0.2826	19.205	7.7945	80.4558
5	0.9917	-1.6802	-2.0878	6.5515	10.1471	30.1311	-0.1817	-0.3363	0.0613	0.7269	0.0322	0.4178	1.5064	-1.0687	0.1496	0.2804	0.0014	0.0028	0.2794	-0.007	0.2754	14.1148	-1.3468	58.2438
6	0.338	-0.8563	2.6633	1.9043	-3.9859	17.4769	0.1776	0.0141	0.0246	-0.1677	-0.046	0.0736	0.5572	0.221	-0.1316	0.1742	-0.0249	-0.0309	0.2173	0.0118	0.2827	14.4823	-6.3329	7.9692
7	0.4487	2.4617	3.3963	7.2893	11.2062	18.7991	0.0109	-0.1745	0.1535	-0.2669	-0.3609	0.1758	-0.4093	-0.719	0.3499	0.0858	0.1812	-0.0472	0.3866	-0.1323	0.2958	47.3818	-19.3166	0.9417
8	-0.5135	-0.5046	-0.6044	9.1698	9.0606	9.1767	-0.0084	0.0299	0.0509	-0.0884	-0.4634	0.4928	-0.1155	-0.549	0.4717	0.0553	0.0861	-0.0149	0.4506	-0.2236	0.35	41.1418	-17.804	8.5144
9	6.3791	-10.9089	-7.1069	21.7357	16.389	11.0484	-0.4481	0.4696	-0.4827	0.772	-0.4223	1.1232	0.6064	-0.5354	0.8704	0.194	0.0136	0.1284	0.2948	-0.1099	0.2921	39.8799	1.3099	35.7121
10	0.1636	0.4938	0.5249	8.2065	11.1857	15.9849	0.0415	-0.0958	0.075	0.3277	-0.1025	0.1451	0.5185	-0.1262	0.061	0.1653	0.0166	0.0022	0.2328	-0.07	0.2412	49.7085	-34.7449	-1.5524

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	52 - 103
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	104 - 159
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	160 - 171
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	172 - 181
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	182 - 211
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	212 - 249
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	50 - 103
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	104 - 166
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	179 - 211
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	212 - 250

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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