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- PDB-2fdr: Crystal Structure of Conserved Haloacid Dehalogenase-like Protein... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2fdr | ||||||
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Title | Crystal Structure of Conserved Haloacid Dehalogenase-like Protein of Unknown Function ATU0790 from Agrobacterium tumefaciens str. C58 | ||||||
![]() | conserved hypothetical protein | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nocek, B. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of hydrolases/phosphatases-like fold protein from Agrobacterium tumefaciens str. C58 Authors: Nocek, B. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 56 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 44 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 25356.707 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Species: Agrobacterium tumefaciens ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-MG / |
#3: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.99 Å3/Da / Density % sol: 38.35 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 Details: 0.1M Tris ph7.8, 0.5M Sodium Acetate, 24% PEG4K, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: May 6, 2005 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: SI 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2→52.2 Å / Num. obs: 13606 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 26.2 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 89.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.72 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→52.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.06 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 29.2042 Å / Origin y: 22.7885 Å / Origin z: 10.1972 Å
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