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- PDB-2fca: The structure of BsTrmB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fca
タイトルThe structure of BsTrmB
要素tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA (guanine-N7)-methylation / tRNA (guanine46-N7)-methyltransferase / tRNA (guanine(46)-N7)-methyltransferase activity / tRNA methyltransferase complex / tRNA methylation
類似検索 - 分子機能
SAM-dependent methyltransferase TRMB-type domain profile. / tRNA (guanine-N-7) methyltransferase, Trmb type / Putative methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zegers, I. / Van Vliet, F. / Bujnicki, J. / Kosinski, J. / Gigot, D. / Droogmans, L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of Bacillus subtilis TrmB, the tRNA (m7G46) methyltransferase.
著者: Zegers, I. / Gigot, D. / van Vliet, F. / Tricot, C. / Aymerich, S. / Bujnicki, J.M. / Kosinski, J. / Droogmans, L.
履歴
登録2005年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase
B: tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4235
ポリマ－49,3062
非ポリマー1173
水6,143341
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.83, 178.83, 41.95
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質 tRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase / tRNAm7G46 / - methyltransferase


分子量: 24652.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: trmB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O34522, tRNA (guanine46-N7)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10 % glycerol, 10 % PEG4000, 200 mM KCl, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月22日
放射モノクロメーター: sagitally focussed / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
Reflection

数: 29090 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 0.412 / D res high: 2.1 Å / D res low: 30 Å / % possible obs: 99.7 / 冗長度: 5.3 %

ID
1
2
3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.523099.810.0280.75.6
3.594.5210010.0290.3475.6
3.143.5910010.0390.3615.6
2.853.1410010.0590.4385.6
2.652.8510010.080.3675.6
2.492.6510010.1120.3735.5
2.372.4910010.1470.3845.5
2.262.3710010.1870.3625.5
2.182.2610010.2540.3785.2
2.12.189710.3180.4073.1
4.523099.820.0280.75.6
3.594.5210020.0290.3475.6
3.143.5910020.0390.3615.6
2.853.1410020.0590.4385.6
2.652.8510020.080.3675.6
2.492.6510020.1120.3735.5
2.372.4910020.1470.3845.5
2.262.3710020.1870.3625.5
2.182.2610020.2540.3785.2
2.12.189720.3180.4073.1
4.523099.830.0280.75.6
3.594.5210030.0290.3475.6
3.143.5910030.0390.3615.6
2.853.1410030.0590.4385.6
2.652.8510030.080.3675.6
2.492.6510030.1120.3735.5
2.372.4910030.1470.3845.5
2.262.3710030.1870.3625.5
2.182.2610030.2540.3785.2
2.12.189730.3180.4073.1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 29109 / Num. obs: 29105 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 0.412
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.183.10.31828340.40797
2.18-2.265.20.25429160.378100
2.26-2.375.50.18728960.362100
2.37-2.495.50.14729590.384100
2.49-2.655.50.11228840.373100
2.65-2.855.60.0829190.367100
2.85-3.145.60.05929180.438100
3.14-3.595.60.03929210.361100
3.59-4.525.60.02929270.347100
4.52-305.60.02829160.799.8

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.98018.5-9.04
13 wavelength20.98034.07-12.54
13 wavelength30.97814-4.55
Phasing dmFOM : 0.54 / FOM acentric: 0.54 / FOM centric: 0 / 反射: 27196 / Reflection acentric: 27196 / Reflection centric: 0
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentric反射Reflection acentric
6.1-19.7450.950.9511271127
3.8-6.10.930.9336103610
3.1-3.80.840.8445684568
2.7-3.10.60.645924592
2.3-2.70.340.3481868186
2.2-2.30.170.1751135113

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.08位相決定
RESOLVE2.08位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.233 1428 random
Rwork0.202 --
all0.233 29107 -
obs0.233 29105 -
溶媒の処理Bsol: 29.19 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 42.401 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.289 Å23.223 Å20 Å2
2--9.289 Å20 Å2
3----18.579 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3304 0 3 341 3648
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4cis_peptide.param
X-RAY DIFFRACTION5param3.cho

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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