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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fbs | ||||||
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タイトル | Solution structure of the LL-37 core peptide bound to detergent micelles | ||||||
要素 | Antibacterial protein FALL-39, core peptide抗生物質 | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / AMPHIPATHIC HELIX / LL-37 / host defense peptide / antimicrobial peptide (抗微生物ペプチド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytolysis / killing by host of symbiont cells / specific granule / cellular response to peptidoglycan / 好中球 / cellular response to interleukin-6 / 抗微生物ペプチド / cellular response to interleukin-1 / innate immune response in mucosa / cell projection ...cytolysis / killing by host of symbiont cells / specific granule / cellular response to peptidoglycan / 好中球 / cellular response to interleukin-6 / 抗微生物ペプチド / cellular response to interleukin-1 / innate immune response in mucosa / cell projection / lipopolysaccharide binding / specific granule lumen / positive regulation of angiogenesis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / tertiary granule lumen / cellular response to tumor necrosis factor / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / amyloid fibril formation / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / positive regulation of protein phosphorylation / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Wang, G. / Li, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2006 タイトル: Solution Structures of Human LL-37 Fragments and NMR-Based Identification of a Minimal Membrane-Targeting Antimicrobial and Anticancer Region 著者: Li, X. / Li, Y. / Han, H. / Miller, D.W. / Wang, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fbs.cif.gz | 96 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fbs.ent.gz | 74.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fbs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/2fbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/2fbs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1722.132 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 150-162 / 由来タイプ: 合成 詳細: sequence corresponds to residues 150-162 of Human FALL-39 参照: UniProt: P49913 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 2 mM peptide, 80 mM Sodium dodecylsulfate / 溶媒系: 10%D2O/90%H2O |
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試料状態 | イオン強度: 80 / pH: 5.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |