+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2f51 | ||||||
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Title | Structure of Trichomonas vaginalis thioredoxin | ||||||
Components | thioredoxin | ||||||
Keywords | ELECTRON TRANSPORT / thioredoxin fold | ||||||
Function / homology | Function and homology information Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Trichomonas vaginalis (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Iulek, J. / Alphey, M.S. / Hunter, W.N. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2006 Title: High-resolution structure of recombinant Trichomonas vaginalis thioredoxin. Authors: Iulek, J. / Alphey, M.S. / Westrop, G.D. / Coombs, G.H. / Hunter, W.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2f51.cif.gz | 66.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2f51.ent.gz | 49.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2f51.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/2f51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/2f51 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2tirS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13108.941 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trichomonas vaginalis (eukaryote) / Gene: trx / Plasmid: pBP1 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: GenBank: 23095905, UniProt: Q8IEV4*PLUS #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.231686 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.9 Details: PEG4000, ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-2 / Wavelength: 0.933 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Jun 22, 2002 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→32.29 Å / Num. all: 14430 / Num. obs: 14428 / % possible obs: 90.47 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 1.88 % / Biso Wilson estimate: 16.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 14.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Redundancy: 1.79 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / Num. unique all: 1234 / Rsym value: 0.074 / % possible all: 76.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB model 2TIR manipulated with MODELLER Resolution: 1.9→32.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 5.503 / SU ML: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.159 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 7.857 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.191 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→32.29 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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