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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f3n | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the native Shank SAM domain. | ||||||
要素 | SH3 and multiple ankyrin repeat domains 3 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Postsynaptic density / SAM domain (SAMドメイン) / shank / scaffolding protein (足場タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to interleukin-17 / regulation of AMPA glutamate receptor clustering / guanylate kinase-associated protein clustering / striatal medium spiny neuron differentiation / synaptic receptor adaptor activity / maintenance of postsynaptic density structure / RET signaling / postsynaptic density assembly / embryonic epithelial tube formation / Neurexins and neuroligins ...response to interleukin-17 / regulation of AMPA glutamate receptor clustering / guanylate kinase-associated protein clustering / striatal medium spiny neuron differentiation / synaptic receptor adaptor activity / maintenance of postsynaptic density structure / RET signaling / postsynaptic density assembly / embryonic epithelial tube formation / Neurexins and neuroligins / positive regulation of synapse structural plasticity / vocal learning / negative regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of cell volume / structural constituent of postsynaptic density / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / regulation of grooming behavior / NMDA glutamate receptor clustering / vocalization behavior / regulation of behavioral fear response / neuron spine / regulation of dendritic spine morphogenesis / AMPA glutamate receptor clustering / dendritic spine morphogenesis / brain morphogenesis / neural precursor cell proliferation / locomotion / regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of AMPA receptor activity / long-term synaptic depression / exploration behavior / ciliary membrane / regulation of postsynapse organization / regulation of long-term synaptic depression / adult behavior / positive regulation of dendritic spine development / locomotory exploration behavior / social behavior / 学習 / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / neuromuscular process controlling balance / postsynaptic density, intracellular component / glial cell proliferation / synapse assembly / ionotropic glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / locomotory behavior / 学習 / positive regulation of long-term synaptic potentiation / G protein-coupled receptor binding / long-term synaptic potentiation / regulation of synaptic plasticity / modulation of chemical synaptic transmission / 記憶 / SH3 domain binding / : / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / actin binding / 遺伝子発現 / scaffold protein binding / postsynaptic membrane / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / learning or memory / neuron projection / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換, 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Baron, M.K. / Bowie, J.U. / Faham, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2006 タイトル: An architectural framework that may lie at the core of the postsynaptic density. 著者: Baron, M.K. / Boeckers, T.M. / Vaida, B. / Faham, S. / Gingery, M. / Sawaya, M.R. / Salyer, D. / Gundelfinger, E.D. / Bowie, J.U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2f3n.cif.gz | 52.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2f3n.ent.gz | 39.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2f3n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/2f3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/2f3n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9092.104 Da / 分子数: 3 / 断片: SAM Domain / 変異: M55E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Shank3 / プラスミド: Pet3c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9JLU4 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.25 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: Well solution: 0.1 M HEPES pH 7.2, 0.4M Ammonium Formate, 6.5 mM N-nonyl BD Glucoside. Protein Buffer: 5mM tris pH 8.0, 50 mM NaCl, 20% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.96 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 14919 / Num. obs: 14919 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 34.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 9.6 / Rsym value: 0.364 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換, 多波長異常分散 解像度: 2.1→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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