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- PDB-2f08: Crystal structure of a major house dust mite allergen, Derf 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f08
タイトルCrystal structure of a major house dust mite allergen, Derf 2
要素mite allergen Der f II
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / immunoglobulin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol transport / sterol binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Sterol transport protein NPC2-like / Immunoglobulin-like - #770 / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / Mite group 2 allergen Der f 2
類似検索 - 構成要素
生物種Dermatophagoides farinae (ヒョウヒダニ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mikami, B. / Tanaka, Y. / Minato, N. / Suzuki, M. / Korematsu, S.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure and some properties of a major house dust mite allergen, Derf 2
著者: Suzuki, M. / Tanaka, Y. / Korematsu, S. / Mikami, B. / Minato, N.
履歴
登録2005年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mite allergen Der f II
B: mite allergen Der f II
C: mite allergen Der f II
D: mite allergen Der f II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5815
ポリマ－56,2574
非ポリマー3241
水2,810156
1
A: mite allergen Der f II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0641
ポリマ－14,0641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: mite allergen Der f II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0641
ポリマ－14,0641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: mite allergen Der f II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3892
ポリマ－14,0641
非ポリマー3241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: mite allergen Der f II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0641
ポリマ－14,0641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.124, 54.328, 102.354
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a monomer.

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要素

#1: タンパク質
mite allergen Der f II


分子量: 14064.193 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-129 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dermatophagoides farinae (ヒョウヒダニ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta(DE3)pLys / 参照: UniProt: Q00855
#2: 化合物 ChemComp-P4C / O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE 400 / 20-ヒドロキシ-3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オン


分子量: 324.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O8
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 23% PEG 4000, 0.06M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, 10mM HEPES , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年12月21日 / 詳細: carbon monochrometer
放射モノクロメーター: carbon monochrometer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→28.3 Å / Num. all: 34340 / Num. obs: 32658 / % possible obs: 95.05 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.38 % / Biso Wilson estimate: 12.1 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 25.83
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 3.37 % / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / Num. unique all: 3009 / Rsym value: 0.342 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
SAINTデータ削減
SAINTデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→14.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 942193.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 2652 10 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 26532 89 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.6915 Å2 / ksol: 0.259142 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1 Å20 Å2-0.01 Å2
2--6.73 Å20 Å2
3----4.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→14.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3942 0 22 156 4120
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d28.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.511.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.552.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 239 10.5 %
Rwork0.297 3372 -
obs-2225 75.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4p4c_xplor.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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