PDB-2ev1: Structure of Rv1264N, the regulatory domain of the mycobacterial ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ev1

タイトル

Structure of Rv1264N, the regulatory domain of the mycobacterial adenylyl cylcase Rv1264, at pH 6.0

要素

Hypothetical protein Rv1264/MT1302

仮説

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

Alpha-helical (Αヘリックス) / Regulatory Domain of Adenylyl cyclase /

oleic acid (オレイン酸)

機能・相同性

機能・相同性情報

adenylate cyclase inhibitor activity /

アデニル酸シクラーゼ / cAMP biosynthetic process /

adenylate cyclase activity / response to pH / manganese ion binding / intracellular signal transduction /

lipid binding / protein homodimerization activity /

ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Findeisen, F. / Tews, I. / Sinning, I.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The structure of the regulatory domain of the adenylyl cyclase Rv1264 from Mycobacterium tuberculosis with bound oleic acid
著者: Findeisen, F. / Linder, J.U. / Schultz, A. / Schultz, J.E. / Brugger, B. / Wieland, F. / Sinning, I. / Tews, I.

履歴

登録	2005年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ev1.cif.gz	94.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ev1.ent.gz	71.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ev1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/2ev1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/2ev1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ev2C 2ev3C 2ev4C 1y10 1y11 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ev4-d 2ev3-d 2ev2-d 6qh0-2 6qua-2 6e6a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (6) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (5) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (6) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (6)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (5)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (6)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypothetical protein Rv1264/MT1302

B: Hypothetical protein Rv1264/MT1302

ヘテロ分子

49.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.600, 93.528, 54.335
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1105- HOH
2	1	B-1106- HOH

#1: タンパク質	Hypothetical protein Rv1264/MT1302 / 仮説 / ADENYLYL CYCLASE 分子量: 24169.354 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: Rv1264 / プラスミド: pQE 30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 参照: UniProt: Q11055, UniProt: P9WMU9*PLUS, アデニル酸シクラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸 / オレイン酸分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 200, MES, PEG 3000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月14日
放射	モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→47 Å / Num. all: 58977 / Num. obs: 54058 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 24 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 7802 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SnB		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 3.504 / SU ML: 0.062 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21639	2706	5 %	RANDOM
R_work	0.18759	-	-	-
all	0.18902	58799	-	-
obs	0.18902	51196	91.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.326 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.36 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.47 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.282 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2786	0	63	353	3202

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2932
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2906
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.414	2.002	3954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.36	3	6710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.843	5	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.812	23.485	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.478	15	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.887	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	466
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3197
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	550
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	698
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	3005
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.247	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.331	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.132	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.311	1.5	2372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.26	1.5	748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.489	2	2934
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.599	3	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.94	4.5	1020

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.616 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	84	-
R_work	0.247	1499	-
obs	-	1701	93.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3851	4.9995	0.7638	9.1395	1.9306	5.2694	-0.0608	0.0014	-0.6073	0.0692	0.0658	-0.246	0.377	-0.1008	-0.005	-0.1791	-0.039	-0.0242	-0.155	-0.0296	-0.0606	32.1344	-28.121	3.2946
2	1.0679	-0.8153	-0.9563	1.4267	1.6066	4.5077	-0.1594	-0.2183	-0.3461	0.4359	0.0757	0.3497	0.5381	-0.1901	0.0837	-0.0511	-0.0167	0.0696	-0.1165	0.075	-0.0929	31.7055	-12.8876	24.9588
3	1.0032	-0.5077	-0.5262	2.2775	-0.1371	4.3092	0.0176	-0.0566	0.017	0.027	-0.0268	0.2458	-0.0644	-0.3128	0.0092	-0.1542	-0.0198	0.0594	-0.1763	0.0148	-0.1559	28.0667	-0.5646	19.8627
4	1.1272	-0.9097	-0.5277	11.353	5.0699	4.1253	0.1162	0.1121	-0.0325	-0.4276	-0.2658	0.45	-0.1602	-0.4451	0.1496	-0.2526	-0.0013	-0.0192	-0.1566	0.028	-0.1863	33.5739	-2.7092	3.6794
5	10.9825	-8.217	-1.0072	15.844	-0.5545	7.7445	0.3335	0.4774	0.5279	-0.852	-0.2203	-1.0716	0.1224	0.2857	-0.1132	-0.0513	0.048	0.1491	-0.105	-0.0346	0.0444	33.4909	34.37	25.3803
6	2.3027	0.1885	0.466	2.767	0.584	3.3988	-0.0374	0.1125	0.3945	-0.0243	0.0023	0.2119	-0.383	-0.1719	0.0351	-0.1591	0.0225	0.0008	-0.1491	0.0685	-0.0935	33.3529	18.6641	2.145
7	1.4249	0.2536	-0.0405	2.2396	0.5674	5.2877	0.04	0.0398	0.1095	0.1148	-0.0037	0.1692	-0.0003	-0.3078	-0.0363	-0.2027	0.0415	-0.0182	-0.1906	0.0419	-0.1524	28.5827	6.5937	7.181
8	1.0791	0.7947	0.155	12.5451	5.1092	3.0677	0.0496	-0.2075	0.165	0.7339	-0.1696	0.4468	0.1396	-0.247	0.12	-0.1366	0.0322	0.0469	-0.1444	0.0098	-0.1567	33.2436	9.5418	24.4461

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	11 - 55	23 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	56 - 107	68 - 119
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	108 - 151	120 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	152 - 195	164 - 207
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	13 - 55	25 - 67
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	56 - 107	68 - 119
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	108 - 151	120 - 163
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	152 - 193	164 - 205

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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