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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ehd | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of Oxidoreductase | ||||||
要素 | Oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family酸化還元酵素 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / rossmann fold (ロスマンフォールド) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Kamiya, N. / Hikima, T. / Ebihara, A. / Inoue, Y. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal structure analysis of putative oxidoreductase from Thermus thermophilus HB8 著者: Kamiya, N. / Hikima, T. / Ebihara, A. / Inoue, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ehd.cif.gz | 89.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ehd.ent.gz | 67.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ehd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/2ehd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/2ehd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2hsdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24521.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SK86 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.8M ammonium sulfate, 0.1M MES, 10mM cobalt dichloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月7日 / 詳細: Double Crystal Monochlometer |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 30198 / Num. obs: 30198 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 43.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 37.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.698 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2945 / Rsym value: 0.698 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2HSD 解像度: 2.4→50 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 43.9 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.21 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.014
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