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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2eh0 | ||||||
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タイトル | Solution structure of the FHA domain from human Kinesin-like protein KIF1B | ||||||
要素 | Kinesin-like protein KIF1B | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / FHA domain / Kinesin-like protein KIF1B / Klp / KIF1B / KIAA0591 / KIAA1448 / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to rotenone / protein localization to cell periphery / neuron-neuron synaptic transmission / anterograde neuronal dense core vesicle transport / retrograde neuronal dense core vesicle transport / neuromuscular synaptic transmission / cytoskeleton-dependent intracellular transport / lysosome localization / anterograde axonal transport / Kinesins ...response to rotenone / protein localization to cell periphery / neuron-neuron synaptic transmission / anterograde neuronal dense core vesicle transport / retrograde neuronal dense core vesicle transport / neuromuscular synaptic transmission / cytoskeleton-dependent intracellular transport / lysosome localization / anterograde axonal transport / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity / mitochondrion transport along microtubule / microtubule associated complex / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement / kinesin binding / vesicle-mediated transport / axon cytoplasm / cellular response to nerve growth factor stimulus / cytoplasmic vesicle membrane / kinase binding / シナプス小胞 / cytoplasmic vesicle / scaffold protein binding / microtubule binding / 微小管 / neuron projection / 神経繊維 / apoptotic process / 樹状突起 / positive regulation of gene expression / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Inoue, K. / Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Solution structure of the FHA domain from human Kinesin-like protein KIF1B 著者: Inoue, K. / Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2eh0.cif.gz | 773.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2eh0.ent.gz | 645.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2eh0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/2eh0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/2eh0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14459.121 Da / 分子数: 1 / 断片: FHA domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / プラスミド: P050725-20 / 参照: UniProt: O60333 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: spectrometer_id 1 for 3D_15N_separated_NOESY; spectrometer_id 2 for 3D_13C_separated_NOESY; |
-試料調製
詳細 | 内容: 1.32mM U-15N, 13C-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |