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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2eck | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF PHOSPHOTRANSFERASE | |||||||||
要素 | ADENYLATE KINASE | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / KINASE (キナーゼ) / ATP-BINDING / PHOSPHOTRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine ribonucleotide interconversion / ADP biosynthetic process / nucleoside monophosphate metabolic process / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / nucleoside diphosphate kinase activity / AMP binding / リン酸化 ...purine ribonucleotide interconversion / ADP biosynthetic process / nucleoside monophosphate metabolic process / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / nucleoside diphosphate kinase activity / AMP binding / リン酸化 / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Berry, M.B. / Bilderback, T. / Glaser, M. / Phillips Jr., G.N. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2006 タイトル: Crystal structure of ADP/AMP complex of Escherichia coli adenylate kinase. 著者: Berry, M.B. / Bae, E. / Bilderback, T.R. / Glaser, M. / Phillips, G.N. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1994 タイトル: The Closed Conformation of a Highly Flexible Protein: The Structure of E. Coli Adenylate Kinase with Bound AMP and Amppnp 著者: Berry, M.B. / Meador, B. / Bilderback, T. / Liang, P. / Glaser, M. / Phillips Jr., G.N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2eck.cif.gz | 109.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2eck.ent.gz | 85.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2eck.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/2eck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/2eck | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99887, 0.025999, 0.039784), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23620.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ADK+ / プラスミド: PLP101 / 遺伝子 (発現宿主): ADK+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69441, adenylate kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 % |
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結晶化 | pH: 6.7 / 詳細: pH 6.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年5月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→10 Å / Num. obs: 11995 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.143 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→10 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINED / タイプ: MEDIUM POSITIONAL / Rms dev Biso : 1 Å2 / Rms dev position: 0.105 Å / Weight Biso : 200 / Weight position: 200 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→10 Å / Total num. of bins used: 20
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Xplor file |
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