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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2e9l | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of human Cytosolic Neutral beta-Glycosylceramidase (Klotho-related Prote:KLrP) complex with Glucose and fatty acids | ||||||
要素 | Cytosolic beta-glucosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Novel Cytosolic Neutral beta-Glycosylceramidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycosylceramidase activity / positive regulation of exo-alpha-sialidase activity / galactosylceramide catabolic process / glycosylceramide catabolic process / beta-glucoside catabolic process / ガラクトシルセラミダーゼ / galactosylceramidase activity / グルコシルセラミダーゼ / glucosylceramide catabolic process / glycosphingolipid catabolic process ...glycosylceramidase activity / positive regulation of exo-alpha-sialidase activity / galactosylceramide catabolic process / glycosylceramide catabolic process / beta-glucoside catabolic process / ガラクトシルセラミダーゼ / galactosylceramidase activity / グルコシルセラミダーゼ / glucosylceramide catabolic process / glycosphingolipid catabolic process / oligosaccharide catabolic process / glycoside catabolic process / glucosylceramidase activity / Glycosphingolipid catabolism / scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-galactosidase activity / catalytic complex / protein stabilization / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Kakuta, Y. / Hayashi, Y. / Okino, N. / Ito, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: Klotho-related protein is a novel cytosolic neutral beta-glycosylceramidase. 著者: Hayashi, Y. / Okino, N. / Kakuta, Y. / Shikanai, T. / Tani, M. / Narimatsu, H. / Ito, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2e9l.cif.gz | 123.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2e9l.ent.gz | 93.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2e9l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/2e9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/2e9l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 53751.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9H227, beta-glucosidase |
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#2: 糖 | ChemComp-BGC / |
-非ポリマー , 4種, 456分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-OLA / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 % |
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結晶化 | 温度: 293.4 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 27.5% PEG3350, 0.1M Tris-HCl buffer, pH 8.5, 0.2M magnesium chloride, 5% glycerol, 0.5M glucose , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.4K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月18日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 446923 / Num. obs: 446923 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rsym value: 0.133 / Net I/σ(I): 44.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique all: 6633 / Rsym value: 0.421 / % possible all: 95.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1WCG 解像度: 1.6→21.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 1.53 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.449 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→21.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.599→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
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