+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2e8h | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of PH0725 from Pyrococcus horikoshii OT3 | ||||||
要素 | Probable diphthine synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Pyrococcus horikoshii OT3 / Methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / S-adenosyl-L-methionine (S-アデノシルメチオニン) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ジフチンシンターゼ / diphthine synthase activity / protein histidyl modification to diphthamide / メチル化 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Sugahara, M. / Taketa, M. / Tanaka, Y. / Matsuura, Y. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of PH0725 from Pyrococcus horikoshii OT3 著者: Sugahara, M. / Taketa, M. / Tanaka, Y. / Matsuura, Y. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2e8h.cif.gz | 125.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2e8h.ent.gz | 96.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2e8h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/2e8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/2e8h | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 2hr8C 2huqC 2hutC 2huvC 2huxC 2owfC 2owgC 2owkC 2owuC 2owvC 2p2xC 2p5cC 2p5fC 2p6dC 2p6iC 2p6kC 2p6lC 2p9dC 2pb4C 2pb5C 2pb6C 2pcaC 2pcgC 2pchC 2pciC 2pckC 2pcmC 1vceS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological assembly is a dimer in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29631.404 Da / 分子数: 2 / 変異: L164M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET-11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O58456, ジフチンシンターゼ #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 化合物 | ChemComp-SAH / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.16 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: oil microbatch / pH: 5.5 詳細: 3.86M Sodium formate, 0.1M Acetate, pH 5.5, oil microbatch, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 46321 / Num. obs: 46321 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 37.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 14.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 4534 / Rsym value: 0.466 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: PDB ENTRY 1VCE 解像度: 2.1→19.76 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.4 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.76 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.018
|