[日本語] English
万見
- PDB-2du9: crystal structure of the transcriptional factor from C.glutamicum -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2du9
タイトルcrystal structure of the transcriptional factor from C.glutamicum
要素Predicted transcriptional regulators
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / winged Helix-turn-Helix
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Predicted transcriptional regulators
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Gao, Y. / Yao, M. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: The structures of transcription factor CGL2947 from Corynebacterium glutamicum in two crystal forms: A novel homodimer assembling and the implication for effector-binding mode
著者: Gao, Y. / Yao, M. / Itou, H. / Zhou, Y. / Tanaka, I.
履歴
登録2006年7月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Predicted transcriptional regulators
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5152
ポリマ－14,3961
非ポリマー1181
水84747
1
A: Predicted transcriptional regulators
ヘテロ分子

A: Predicted transcriptional regulators
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0294
ポリマ－28,7932
非ポリマー2362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_775-y+2,-x+2,-z+1/21
Buried area3060 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area13710 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)46.95, 46.95, 152.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological assembly is a homodimer generated from the monomer by the two fold axis:-y+2, -x+2, -z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Predicted transcriptional regulators / Transcription factor / Bacterial regulatory protein / gntR family


分子量: 14396.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
生物種: Corynebacterium glutamicum / 株: ATCC13032 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q8NLJ5
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, 12% 2-methyl-2,4 pentanediol, 0.1M Li2SO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9790, 0.9793, 0.9000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月5日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97931
30.91
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. all: 8455 / Num. obs: 8392 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 66.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 768 / Rsym value: 0.387 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.28→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 798 -RANDOM
Rwork0.265 ---
all-8373 --
obs-8143 97.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.6114 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.147 Å20 Å20 Å2
2---0.147 Å20 Å2
3---0.293 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数890 0 8 47 945
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0116
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5692
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.69578
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93347
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.36 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3817 58 -
Rwork0.3295 --
obs-529 73 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る