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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dnj | |||||||||
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タイトル | DNASE I-INDUCED DNA CONFORMATION. 2 ANGSTROMS STRUCTURE OF A DNASE I-OCTAMER COMPLEX | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / DOUBLE HELIX / HYDROLASE-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of neutrophil mediated cytotoxicity / zymogen granule / regulation of acute inflammatory response / deoxyribonuclease I / neutrophil activation involved in immune response / deoxyribonuclease I activity / DNA catabolic process / 核膜 / actin binding / apoptotic process ...regulation of neutrophil mediated cytotoxicity / zymogen granule / regulation of acute inflammatory response / deoxyribonuclease I / neutrophil activation involved in immune response / deoxyribonuclease I activity / DNA catabolic process / 核膜 / actin binding / apoptotic process / DNA binding / extracellular region / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Lahm, A. / Suck, D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: DNase I-induced DNA conformation. 2 A structure of a DNase I-octamer complex 著者: Lahm, A. / Suck, D. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1988 タイトル: Structure Refined to 2 Angstroms of a Nicked DNA Octanucleotide Complex with DNase I 著者: Suck, D. / Lahm, A. / Oefner, C. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1986 タイトル: Structure of DNase I at 2.0 Angstroms Resolution Suggests a Mechanism for Binding to and Cutting DNA 著者: Suck, D. / Oefner, C. #3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1984 タイトル: Three-Dimensional Structure of Bovine Pancreatic DNase I at 2.5 Angstroms Resolution 著者: Suck, D. / Oefner, C. / Kabsch, W. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982 タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Data of Bovine Pancreatic Deoxyribonuclease I 著者: Suck, D. #5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1973 タイトル: Bovine Pancreatic Deoxyribonuclease A. Isolation of Cyanogen Bromide Peptides, Complete Covalent Structure of the Polypeptide Chain 著者: Liao, T.-H. / Salnikow, J. / Moore, S. / Stein, W.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dnj.cif.gz | 75.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dnj.ent.gz | 57.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dnj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/2dnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/2dnj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS ONE DNASE I MOLECULE AND ONE NICKED DNA OCTAMER WITH A TOTAL OF 14 NUICLEOTIDES. THE CLEAVED 3-PRIME GC OF ONE OF THE DNA STRANDS IS MISSING IN THE STRUCTURE. THE SYMMETRY OPERATION X,1-Y,1-Z, I.E. THE TWOFOLD AXIS ALONG A AT B/2,C/2, CREATES THE QUASI-CONTINUOUS 14-MER FORMED BY THE TWO OVERLAPPING NICKE OCTAMERS. |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2427.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 1809.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 29092.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS膵臓 / Secretion: MILK / 参照: UniProt: P00639, deoxyribonuclease I |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | OF THE CARBOHYDRATE MOIETY ATTACHED TO ND2 ASN 18, ONLY THE FIRST RESIDUE WAS VISIBLE IN THE ...OF THE CARBOHYDRA |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.00K | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6 / 手法: その他 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 |
検出器 | 検出器: OSCILLATION CAMERA |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 20921 / Observed criterion σ(F): 3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 89.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2→6 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection all: 20101 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.174 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |