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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dg4 | ||||||
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タイトル | FK506-binding protein mutant WF59 complexed with Rapamycin | ||||||
要素 | FK506-binding protein 1A | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / IMMUNOPHILIN / ROTAMASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 macrolide binding / activin receptor binding / cytoplasmic side of membrane / signaling receptor inhibitor activity / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / terminal cisterna ...macrolide binding / activin receptor binding / cytoplasmic side of membrane / signaling receptor inhibitor activity / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / I-SMAD binding / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / protein maturation by protein folding / 'de novo' protein folding / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / negative regulation of phosphoprotein phosphatase activity / FK506 binding / mTORC1-mediated signalling / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / Calcineurin activates NFAT / regulation of immune response / protein peptidyl-prolyl isomerization / supramolecular fiber organization / heart morphogenesis / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / sarcoplasmic reticulum membrane / T細胞 / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / 筋小胞体 / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calcium ion transmembrane transport / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Z disc / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / regulation of protein localization / フォールディング / positive regulation of protein binding / protein refolding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transmembrane transporter binding / Potential therapeutics for SARS / amyloid fibril formation / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Buckle, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Energetic and structural analysis of the role of tryptophan 59 in FKBP12 著者: Fulton, K.F. / Jackson, S.E. / Buckle, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dg4.cif.gz | 39.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dg4.ent.gz | 25.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dg4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/2dg4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/2dg4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11797.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTrcGST / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P62942, プロリルイソメラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-RAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.61 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 30% PEG MME 2000, 0.2M Ammonium Sulphate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年8月29日 |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→35.8 Å / Num. all: 12333 / Num. obs: 12333 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 23.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→35.8 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 95.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.7→35.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.061 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.221 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.703→1.747 Å / Total num. of bins used: 20
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